225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2692 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
297 aa  592  1e-168  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.88 
 
 
207 aa  104  1e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 
149 aa  90.5  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  33.64 
 
 
134 aa  77.4  0.0000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
147 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.21 
 
 
146 aa  73.9  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48.57 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.37 
 
 
126 aa  72  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
145 aa  70.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.32 
 
 
144 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.2 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.51 
 
 
234 aa  69.7  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.65 
 
 
144 aa  68.9  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
147 aa  68.6  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.38 
 
 
144 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.05 
 
 
253 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
144 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
269 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.9 
 
 
216 aa  68.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  32.71 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  34.26 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  32.71 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.69 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  32.71 
 
 
243 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  32.71 
 
 
243 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  34.26 
 
 
243 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  32.71 
 
 
243 aa  65.1  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  32.71 
 
 
243 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.14 
 
 
205 aa  64.3  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.45 
 
 
218 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
212 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  33.33 
 
 
243 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.41 
 
 
243 aa  63.9  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.75 
 
 
210 aa  63.2  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.32 
 
 
128 aa  62.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.14 
 
 
133 aa  62.4  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.86 
 
 
117 aa  61.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
121 aa  60.1  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.87 
 
 
231 aa  59.7  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.89 
 
 
176 aa  59.3  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  35.16 
 
 
259 aa  59.3  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
139 aa  58.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.94 
 
 
251 aa  58.5  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
121 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.75 
 
 
139 aa  58.5  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.2 
 
 
206 aa  57.8  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.97 
 
 
147 aa  57.4  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
275 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.51 
 
 
157 aa  56.6  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  36.46 
 
 
236 aa  56.6  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.88 
 
 
138 aa  56.2  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.38 
 
 
138 aa  56.2  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  41.1 
 
 
133 aa  55.8  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.19 
 
 
213 aa  55.8  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  41.1 
 
 
136 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 
138 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  34 
 
 
212 aa  55.1  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
158 aa  55.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
139 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.62 
 
 
142 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 
146 aa  54.7  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 
140 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 
138 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
142 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.85 
 
 
121 aa  54.3  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 
138 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
139 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
150 aa  53.9  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  41.1 
 
 
146 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  39.73 
 
 
138 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.97 
 
 
144 aa  53.9  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.85 
 
 
139 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
158 aa  53.5  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  39.73 
 
 
138 aa  53.1  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.9 
 
 
127 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  38.36 
 
 
157 aa  53.1  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
155 aa  53.1  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
138 aa  52.8  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  33.75 
 
 
134 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  35.62 
 
 
117 aa  52.4  0.000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.24 
 
 
140 aa  52.4  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  33.75 
 
 
134 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0676  hypothetical protein  53.49 
 
 
138 aa  52.4  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  33.68 
 
 
158 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
149 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
527 aa  52  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.91 
 
 
118 aa  52  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.68 
 
 
158 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.62 
 
 
134 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.2 
 
 
115 aa  51.2  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.08 
 
 
139 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
153 aa  51.6  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.08 
 
 
139 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.18 
 
 
133 aa  51.2  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  38.36 
 
 
139 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.68 
 
 
158 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  43.33 
 
 
138 aa  51.2  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.36 
 
 
139 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.59 
 
 
124 aa  50.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
139 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>