241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1292 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
157 aa  316  1e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  72.34 
 
 
153 aa  204  4e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  62.14 
 
 
150 aa  165  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  72.66 
 
 
150 aa  158  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.18 
 
 
275 aa  139  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.75 
 
 
159 aa  133  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.24 
 
 
136 aa  130  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  49.61 
 
 
283 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  47.69 
 
 
236 aa  111  4.0000000000000004e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.21 
 
 
133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
527 aa  103  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.5 
 
 
155 aa  93.2  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.3 
 
 
139 aa  90.5  7e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.3 
 
 
139 aa  90.9  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.98 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40.98 
 
 
132 aa  73.2  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.34 
 
 
121 aa  71.2  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 
121 aa  67.4  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.33 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.67 
 
 
146 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.33 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  49.33 
 
 
146 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.33 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.33 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.67 
 
 
158 aa  63.9  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  40.19 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 
207 aa  62.8  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  39.25 
 
 
134 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
138 aa  62.4  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
143 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.25 
 
 
140 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.38 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  46.67 
 
 
138 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
138 aa  61.2  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  46.67 
 
 
138 aa  61.2  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  46.67 
 
 
133 aa  61.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  46.67 
 
 
136 aa  61.2  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
140 aa  60.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
139 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 
243 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.67 
 
 
139 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.3 
 
 
149 aa  60.1  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  44 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  45.33 
 
 
157 aa  59.3  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
158 aa  59.3  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.38 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
137 aa  58.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.82 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.82 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  32.74 
 
 
118 aa  58.9  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.82 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.95 
 
 
153 aa  58.9  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  45.33 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.59 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  39.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
159 aa  58.2  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.77 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.33 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  43.08 
 
 
243 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.33 
 
 
139 aa  57.4  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.92 
 
 
138 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  45.33 
 
 
139 aa  57.4  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
348 aa  57  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  37.33 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.89 
 
 
155 aa  57  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.51 
 
 
297 aa  56.6  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.21 
 
 
165 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.27 
 
 
281 aa  57  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  40 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.33 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.21 
 
 
207 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.41 
 
 
228 aa  55.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  40 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
152 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
229 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  41.54 
 
 
243 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
223 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.58 
 
 
257 aa  56.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  36.13 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.13 
 
 
138 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
118 aa  55.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.13 
 
 
138 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.13 
 
 
138 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.13 
 
 
138 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.13 
 
 
223 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>