More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1313 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
130 aa  259  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.48 
 
 
243 aa  85.1  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.91 
 
 
243 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3842  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 
126 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209234  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  40.83 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  38.1 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.68 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  40 
 
 
243 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  38.64 
 
 
243 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  40 
 
 
243 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  40 
 
 
243 aa  77.4  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  40 
 
 
243 aa  77.4  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.17 
 
 
121 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.32 
 
 
121 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.89 
 
 
126 aa  74.3  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.09 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  35.4 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 
150 aa  68.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.79 
 
 
283 aa  69.3  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6194  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.79 
 
 
126 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643826  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.47 
 
 
155 aa  67  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  27.12 
 
 
119 aa  67  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.32 
 
 
134 aa  67  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.52 
 
 
121 aa  65.1  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.89 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.17 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  37.04 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
155 aa  63.9  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.66 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
158 aa  63.5  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.89 
 
 
146 aa  62.8  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.59 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  45.59 
 
 
133 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.59 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.59 
 
 
138 aa  61.6  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  46.97 
 
 
136 aa  61.6  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.97 
 
 
138 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  44.12 
 
 
146 aa  60.8  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.04 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.12 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
253 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.12 
 
 
139 aa  60.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.59 
 
 
142 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
121 aa  60.8  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.74 
 
 
275 aa  60.5  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.7 
 
 
213 aa  60.8  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.31 
 
 
157 aa  60.1  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.24 
 
 
115 aa  60.1  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.13 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.12 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.12 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  44.12 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.65 
 
 
139 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.12 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  35.45 
 
 
157 aa  59.3  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.24 
 
 
153 aa  58.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.27 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.93 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.12 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  35.4 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  39.71 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.53 
 
 
210 aa  58.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.05 
 
 
269 aa  58.2  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.1 
 
 
162 aa  57.8  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.87 
 
 
133 aa  58.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.55 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.11 
 
 
115 aa  57.8  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
159 aa  57.8  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.06 
 
 
207 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  39.71 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.85 
 
 
127 aa  57.8  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0064  DnaK suppressor protein  38.57 
 
 
152 aa  57.4  0.00000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.77 
 
 
229 aa  57.8  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.28 
 
 
207 aa  57  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.59 
 
 
152 aa  57  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  32.11 
 
 
139 aa  57  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
139 aa  57  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 
117 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.37 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.95 
 
 
205 aa  56.2  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.59 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.25 
 
 
234 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.02 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.12 
 
 
158 aa  56.6  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  50 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.42 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 
164 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.02 
 
 
223 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  31.93 
 
 
122 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  51.02 
 
 
126 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 
165 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.98 
 
 
257 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.9 
 
 
281 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.17 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1094  dnaK suppressor protein, putative  33.33 
 
 
130 aa  55.1  0.0000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.360661  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.03 
 
 
144 aa  55.1  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>