More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0693 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
130 aa  258  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
130 aa  86.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  48.65 
 
 
124 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.04 
 
 
135 aa  71.2  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  31.67 
 
 
132 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.75 
 
 
131 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.54 
 
 
120 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.54 
 
 
120 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  45.76 
 
 
119 aa  63.9  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.77 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.45 
 
 
126 aa  60.8  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.61 
 
 
132 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  52.94 
 
 
61 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  41.46 
 
 
122 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.78 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.78 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.78 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.78 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.78 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  33.02 
 
 
117 aa  57  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.17 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.86 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.92 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.17 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.17 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.86 
 
 
131 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.73 
 
 
105 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
122 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
143 aa  54.3  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.76 
 
 
130 aa  53.9  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 
213 aa  53.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.75 
 
 
150 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.27 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
253 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  42.62 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  38.18 
 
 
122 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.75 
 
 
128 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.62 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.97 
 
 
121 aa  52.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
121 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  41.89 
 
 
143 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  41.89 
 
 
143 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  38.46 
 
 
92 aa  51.6  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 
121 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
256 aa  51.2  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  46 
 
 
123 aa  51.2  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  34.26 
 
 
136 aa  51.2  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.05 
 
 
118 aa  50.4  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.26 
 
 
144 aa  50.8  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
144 aa  50.4  0.000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  37.04 
 
 
157 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
103 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.98 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
205 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  31.9 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.82 
 
 
122 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
110 aa  48.9  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.64 
 
 
212 aa  49.7  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.51 
 
 
115 aa  49.3  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
103 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.81 
 
 
251 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
139 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
155 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  36.99 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.17 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.06 
 
 
150 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.59 
 
 
121 aa  48.5  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.47 
 
 
132 aa  48.5  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  34.78 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  46 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
159 aa  48.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  36.49 
 
 
147 aa  48.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  31.03 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  36.23 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
158 aa  47.8  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  34.83 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>