252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1511 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  100 
 
 
122 aa  244  4e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.28 
 
 
120 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.28 
 
 
120 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  46.72 
 
 
124 aa  96.7  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  70.49 
 
 
61 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  45 
 
 
123 aa  92.8  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.7 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.82 
 
 
121 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.18 
 
 
121 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.89 
 
 
124 aa  61.6  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.75 
 
 
114 aa  60.8  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.44 
 
 
114 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
131 aa  58.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.54 
 
 
256 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.46 
 
 
130 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
150 aa  56.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
527 aa  56.6  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.21 
 
 
155 aa  55.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.43 
 
 
106 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.79 
 
 
126 aa  55.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.17 
 
 
110 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.67 
 
 
283 aa  55.1  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.77 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.82 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6415  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.96 
 
 
110 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.143253  normal  0.0110238 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.77 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.23 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.84 
 
 
132 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.48 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.48 
 
 
120 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  38.96 
 
 
119 aa  53.5  0.0000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.29 
 
 
128 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.76 
 
 
110 aa  53.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  48.21 
 
 
153 aa  53.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  41.56 
 
 
132 aa  52.8  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.15 
 
 
131 aa  52.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.59 
 
 
150 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.56 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  31.53 
 
 
132 aa  52  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.55 
 
 
257 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.25 
 
 
120 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 
115 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.23 
 
 
130 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.94 
 
 
114 aa  51.2  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
134 aa  51.2  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  44.23 
 
 
92 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  39.47 
 
 
236 aa  51.2  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.97 
 
 
120 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
130 aa  51.2  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.15 
 
 
131 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.15 
 
 
131 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.15 
 
 
105 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  48.98 
 
 
152 aa  50.8  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
138 aa  50.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.15 
 
 
131 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
158 aa  50.8  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.15 
 
 
131 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.15 
 
 
131 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.15 
 
 
117 aa  50.4  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.77 
 
 
253 aa  50.1  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.13 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  40 
 
 
138 aa  50.1  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 
275 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
251 aa  50.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
139 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.96 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.96 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  40 
 
 
146 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
142 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  32.77 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.96 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.27 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.91 
 
 
122 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  32 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  32.94 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
210 aa  48.9  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.75 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.25 
 
 
134 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.33 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  44.64 
 
 
139 aa  48.9  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.64 
 
 
139 aa  48.9  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.62 
 
 
132 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  26 
 
 
117 aa  48.1  0.00004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  30.63 
 
 
147 aa  48.1  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  38.67 
 
 
136 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
138 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.33 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.96 
 
 
138 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  38.67 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>