263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4430 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
120 aa  246  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
120 aa  246  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  55.28 
 
 
122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  75.41 
 
 
61 aa  102  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  48.76 
 
 
124 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.43 
 
 
123 aa  99.4  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.11 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.88 
 
 
131 aa  67  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.88 
 
 
131 aa  67  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.88 
 
 
131 aa  67  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.88 
 
 
131 aa  67  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.88 
 
 
131 aa  67  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.54 
 
 
130 aa  66.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  42.35 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  42.35 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.28 
 
 
124 aa  62  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.04 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.9 
 
 
126 aa  61.6  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.36 
 
 
121 aa  61.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.57 
 
 
121 aa  60.5  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.89 
 
 
131 aa  60.1  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.57 
 
 
135 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 
130 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 
130 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 
130 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.06 
 
 
256 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
130 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
130 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.52 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.75 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35.14 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  32.05 
 
 
119 aa  52  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.53 
 
 
113 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
110 aa  51.6  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.76 
 
 
114 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  44 
 
 
132 aa  50.4  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
119 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.71 
 
 
121 aa  50.1  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
122 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  29.41 
 
 
243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  20.91 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  26.89 
 
 
117 aa  48.9  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.49 
 
 
133 aa  48.9  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  29.66 
 
 
243 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  28.57 
 
 
147 aa  48.9  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.48 
 
 
106 aa  49.3  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.95 
 
 
243 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  20.91 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  20.91 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  28.21 
 
 
243 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  28.21 
 
 
243 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  28.21 
 
 
243 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.17 
 
 
110 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  28.21 
 
 
243 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
121 aa  48.9  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  29.66 
 
 
243 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 
155 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.09 
 
 
129 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  21.05 
 
 
118 aa  47.8  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  28.97 
 
 
149 aa  48.1  0.00005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.13 
 
 
243 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  21.93 
 
 
118 aa  47.8  0.00005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  27.97 
 
 
243 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  51.35 
 
 
115 aa  47.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.58 
 
 
128 aa  47.8  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.83 
 
 
150 aa  47.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25 
 
 
110 aa  47.4  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  36.14 
 
 
134 aa  47  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.25 
 
 
121 aa  47  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.09 
 
 
120 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.09 
 
 
120 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.09 
 
 
120 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.09 
 
 
120 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.98 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
145 aa  46.2  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.97 
 
 
275 aa  45.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  35.44 
 
 
134 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.96 
 
 
118 aa  45.8  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
118 aa  45.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  31.53 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  24.39 
 
 
119 aa  45.8  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.63 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  34.29 
 
 
105 aa  45.4  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  35.44 
 
 
134 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
218 aa  45.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  44.44 
 
 
152 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.63 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  28 
 
 
130 aa  45.4  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.81 
 
 
243 aa  45.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
146 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.76 
 
 
120 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
132 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
139 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.9 
 
 
136 aa  45.1  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.74 
 
 
120 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
111 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>