238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1239 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
119 aa  241  3e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.45 
 
 
118 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58 
 
 
155 aa  60.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
121 aa  58.5  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.63 
 
 
126 aa  57  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
118 aa  55.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.58 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.85 
 
 
110 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
205 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.98 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  32.48 
 
 
151 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
121 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
176 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  53.06 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.92 
 
 
121 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.8 
 
 
120 aa  51.2  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.06 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.9 
 
 
134 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 
154 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 
134 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  33.93 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  33.93 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  43.4 
 
 
151 aa  50.8  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.87 
 
 
112 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  43.4 
 
 
151 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
132 aa  50.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  43.4 
 
 
151 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  50.8  0.000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  43.4 
 
 
151 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  43.4 
 
 
151 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  43.4 
 
 
151 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
114 aa  50.4  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 
147 aa  50.4  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
124 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
118 aa  49.7  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  33.62 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.71 
 
 
131 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  41.51 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.67 
 
 
131 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  31.62 
 
 
152 aa  49.3  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.15 
 
 
131 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  32.48 
 
 
152 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  47.73 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  43.4 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  47.73 
 
 
149 aa  49.7  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  41.67 
 
 
148 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 
146 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.82 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.31 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  37.74 
 
 
147 aa  48.9  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.62 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.59 
 
 
110 aa  48.5  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.19 
 
 
122 aa  48.5  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
132 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
117 aa  48.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 
110 aa  48.1  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  39.62 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  41.51 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.71 
 
 
130 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  39.62 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  41.51 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  41.51 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  39.62 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  39.62 
 
 
182 aa  47.4  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.38 
 
 
212 aa  47.4  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
118 aa  47.4  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  46.81 
 
 
61 aa  47.4  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  29.91 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.82 
 
 
154 aa  47.4  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 
140 aa  47  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
110 aa  47  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>