282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4329 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
117 aa  229  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  43.27 
 
 
129 aa  83.2  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  46.23 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.61 
 
 
108 aa  68.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.38 
 
 
111 aa  63.5  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48 
 
 
112 aa  63.2  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.25 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.25 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  39.81 
 
 
153 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0744  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.29 
 
 
112 aa  57.8  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.186685  normal  0.0218217 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.25 
 
 
150 aa  57.4  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
155 aa  57.4  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.85 
 
 
114 aa  55.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.34 
 
 
144 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.34 
 
 
144 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.73 
 
 
110 aa  53.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 
118 aa  52.8  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 
144 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  44.19 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 
140 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.51 
 
 
129 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  48.84 
 
 
149 aa  51.6  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  48.84 
 
 
143 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
114 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.18 
 
 
144 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  48.84 
 
 
147 aa  51.6  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
210 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  41.07 
 
 
243 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.84 
 
 
140 aa  51.6  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
212 aa  51.2  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.38 
 
 
150 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 
222 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  41.07 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.76 
 
 
151 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  39.29 
 
 
243 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22690  DnaK suppressor protein  40.4 
 
 
114 aa  50.8  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.03 
 
 
132 aa  50.8  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30.17 
 
 
132 aa  50.4  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
144 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
105 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.5 
 
 
243 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
243 aa  49.7  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
234 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 
118 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
141 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  41.07 
 
 
105 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.77 
 
 
216 aa  50.1  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  37.5 
 
 
243 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.29 
 
 
243 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  53.06 
 
 
108 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.38 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.5 
 
 
243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  42 
 
 
243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
228 aa  48.9  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  41.86 
 
 
146 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.98 
 
 
130 aa  49.3  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
243 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 
243 aa  48.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.24 
 
 
121 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
146 aa  48.9  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.14 
 
 
257 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.89 
 
 
114 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.34 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.68 
 
 
231 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  44.68 
 
 
283 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 
212 aa  48.5  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
105 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
109 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
119 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  43.18 
 
 
152 aa  47.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.35 
 
 
146 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.5 
 
 
120 aa  47.8  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  46.51 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.5 
 
 
120 aa  47.8  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.3 
 
 
120 aa  47.4  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.5 
 
 
120 aa  47.8  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.22 
 
 
213 aa  47.4  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  42.86 
 
 
130 aa  47  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.5 
 
 
120 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.84 
 
 
133 aa  47  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.21 
 
 
144 aa  47  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  41.86 
 
 
145 aa  47  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.25 
 
 
121 aa  47  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.55 
 
 
149 aa  47  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  33.93 
 
 
105 aa  46.2  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  50 
 
 
145 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
218 aa  46.6  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
145 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
148 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 
119 aa  46.2  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
132 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.58 
 
 
253 aa  47  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  33.33 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  51.06 
 
 
135 aa  46.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.5 
 
 
136 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>