More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3596 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
108 aa  211  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  55.45 
 
 
110 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.21 
 
 
112 aa  103  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.51 
 
 
111 aa  99  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0744  transcriptional regulator, TraR/DksA family  62.03 
 
 
112 aa  94.7  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.186685  normal  0.0218217 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51 
 
 
118 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  43.69 
 
 
129 aa  80.1  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.27 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.27 
 
 
139 aa  71.2  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.61 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.46 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
212 aa  61.2  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  41.67 
 
 
243 aa  60.8  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  40.28 
 
 
243 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  40.28 
 
 
243 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  40.28 
 
 
243 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.73 
 
 
121 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  42.39 
 
 
108 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.52 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.28 
 
 
243 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  38.89 
 
 
243 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.78 
 
 
269 aa  58.5  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.03 
 
 
213 aa  58.2  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.19 
 
 
243 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  38.89 
 
 
243 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  38.89 
 
 
243 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  38.89 
 
 
243 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
228 aa  57.8  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
243 aa  57.8  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
117 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
253 aa  56.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.28 
 
 
234 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.29 
 
 
216 aa  55.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.47 
 
 
155 aa  55.5  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.21 
 
 
144 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.92 
 
 
275 aa  54.7  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.28 
 
 
132 aa  54.3  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.04 
 
 
136 aa  54.3  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2444  TraR/DksA family transcriptional regulator  52 
 
 
102 aa  53.9  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.689651  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
129 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.98 
 
 
150 aa  53.9  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  32.08 
 
 
153 aa  53.5  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 
103 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 
103 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  38 
 
 
212 aa  53.1  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.94 
 
 
251 aa  53.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.91 
 
 
126 aa  53.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  35.53 
 
 
117 aa  53.1  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  45.35 
 
 
105 aa  52.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.39 
 
 
210 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  34.88 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  44.62 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.4 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  41 
 
 
119 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  39.76 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.65 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  26.92 
 
 
119 aa  52  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.43 
 
 
176 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.57 
 
 
121 aa  52  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.7 
 
 
104 aa  51.6  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.21 
 
 
222 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.55 
 
 
205 aa  51.2  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.92 
 
 
119 aa  50.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.94 
 
 
527 aa  51.2  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  38.55 
 
 
134 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.06 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.67 
 
 
133 aa  50.8  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22690  DnaK suppressor protein  62.5 
 
 
114 aa  50.8  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  34 
 
 
113 aa  50.4  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.65 
 
 
130 aa  50.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
131 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  46.94 
 
 
104 aa  49.7  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
105 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.22 
 
 
117 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  23.58 
 
 
116 aa  50.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
297 aa  49.7  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.07 
 
 
109 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.21 
 
 
147 aa  49.7  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.68 
 
 
257 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.06 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  38.1 
 
 
119 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  32.81 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.38 
 
 
103 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  32.81 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  34.69 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  32.81 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.67 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.98 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  51.92 
 
 
131 aa  48.1  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
124 aa  48.5  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.8 
 
 
206 aa  48.5  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  44.64 
 
 
134 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>