More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4024 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
222 aa  462  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
253 aa  132  3e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.74 
 
 
231 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
234 aa  132  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.51 
 
 
206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  36.5 
 
 
243 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  36.5 
 
 
243 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 
269 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  35.86 
 
 
243 aa  125  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  35.86 
 
 
243 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.53 
 
 
243 aa  124  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.24 
 
 
243 aa  124  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.96 
 
 
228 aa  123  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.35 
 
 
243 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.03 
 
 
243 aa  122  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  35.35 
 
 
243 aa  121  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  35.35 
 
 
243 aa  121  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.25 
 
 
176 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.27 
 
 
251 aa  112  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.52 
 
 
212 aa  108  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.33 
 
 
213 aa  107  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.25 
 
 
205 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.28 
 
 
210 aa  99.8  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.75 
 
 
212 aa  99.8  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
216 aa  93.2  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.75 
 
 
147 aa  80.9  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.44 
 
 
139 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.44 
 
 
139 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.71 
 
 
218 aa  67  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  41.05 
 
 
152 aa  66.6  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.85 
 
 
121 aa  65.5  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.44 
 
 
121 aa  65.1  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.96 
 
 
120 aa  65.1  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  41.56 
 
 
118 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
120 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
155 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 
118 aa  63.5  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.79 
 
 
118 aa  63.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.05 
 
 
115 aa  63.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
120 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.03 
 
 
120 aa  63.2  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 
120 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 
120 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.79 
 
 
120 aa  62.8  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.3 
 
 
151 aa  62.4  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.81 
 
 
126 aa  62  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.65 
 
 
120 aa  61.6  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.23 
 
 
150 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 
112 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
144 aa  61.2  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  41.56 
 
 
145 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.47 
 
 
120 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 
143 aa  60.5  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.96 
 
 
118 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 
132 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
145 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.96 
 
 
118 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
120 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.42 
 
 
141 aa  60.1  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  38.39 
 
 
119 aa  59.3  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 
148 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  37.66 
 
 
141 aa  58.9  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.72 
 
 
117 aa  58.9  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.18 
 
 
146 aa  58.9  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
121 aa  58.5  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.97 
 
 
118 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  38.46 
 
 
143 aa  57.8  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  38.46 
 
 
143 aa  57.8  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  40.26 
 
 
148 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  40.26 
 
 
148 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.66 
 
 
118 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
207 aa  57  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 
149 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.66 
 
 
140 aa  57.4  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  40.74 
 
 
157 aa  57.4  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.97 
 
 
143 aa  57  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.08 
 
 
155 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.26 
 
 
154 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 
138 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  40.26 
 
 
154 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 
114 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.66 
 
 
147 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.4 
 
 
138 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  39.53 
 
 
138 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
120 aa  56.2  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  39.53 
 
 
133 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.56 
 
 
148 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
121 aa  55.8  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
139 aa  55.8  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.53 
 
 
139 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 
139 aa  55.8  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
145 aa  55.8  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 
138 aa  55.8  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.56 
 
 
148 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.51 
 
 
139 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  34.51 
 
 
139 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
155 aa  55.8  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.53 
 
 
142 aa  55.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.37 
 
 
138 aa  55.5  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>