206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0964 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
147 aa  302  1.0000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.61 
 
 
213 aa  88.6  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.37 
 
 
253 aa  87.8  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.21 
 
 
231 aa  87.8  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  36.59 
 
 
243 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  36.59 
 
 
243 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  35.77 
 
 
243 aa  84.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  34.96 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  34.96 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.19 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  34.96 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  34.96 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  34.96 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.52 
 
 
212 aa  82  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.15 
 
 
243 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.9 
 
 
228 aa  81.3  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.75 
 
 
222 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.57 
 
 
206 aa  80.9  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.17 
 
 
243 aa  80.1  0.000000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  33.33 
 
 
243 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 
269 aa  79  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.51 
 
 
251 aa  78.2  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
210 aa  75.9  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.16 
 
 
212 aa  74.7  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.95 
 
 
234 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.15 
 
 
205 aa  71.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.78 
 
 
216 aa  65.1  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.74 
 
 
118 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.63 
 
 
118 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
106 aa  57  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.63 
 
 
150 aa  55.5  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.97 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
111 aa  55.1  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
155 aa  55.1  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
257 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
129 aa  55.5  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  34.09 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.53 
 
 
110 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.2 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
120 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
132 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.56 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  31.68 
 
 
105 aa  52.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
150 aa  52  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.94 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  28.83 
 
 
283 aa  52.4  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.94 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.42 
 
 
115 aa  52  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  27.12 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  29.81 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  36.36 
 
 
124 aa  51.6  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
115 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
121 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.72 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
104 aa  51.2  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.71 
 
 
118 aa  51.2  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.72 
 
 
120 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  36.11 
 
 
153 aa  51.6  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.73 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  44.07 
 
 
127 aa  50.8  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 
119 aa  50.8  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  33.75 
 
 
110 aa  50.8  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.67 
 
 
109 aa  50.4  0.000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  35.71 
 
 
152 aa  50.4  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.14 
 
 
121 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  37.37 
 
 
105 aa  50.4  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.21 
 
 
108 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  28.21 
 
 
118 aa  50.1  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.11 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  37.5 
 
 
108 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.72 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  40.28 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  38.89 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
121 aa  48.9  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  33.63 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
275 aa  48.9  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  38.81 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  38.81 
 
 
143 aa  48.9  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.78 
 
 
138 aa  48.5  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  25.86 
 
 
120 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.62 
 
 
117 aa  48.1  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  25.64 
 
 
120 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.5 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  25.64 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.71 
 
 
130 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.25 
 
 
129 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.93 
 
 
126 aa  47.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  25.64 
 
 
134 aa  47.4  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  38.6 
 
 
154 aa  47  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.99 
 
 
112 aa  47  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>