197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0916 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
106 aa  207  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  59.05 
 
 
105 aa  116  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  47.47 
 
 
105 aa  90.1  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.46 
 
 
105 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 
114 aa  87.8  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.27 
 
 
105 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.9 
 
 
114 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  42.72 
 
 
105 aa  79.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  39 
 
 
104 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  37.89 
 
 
104 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  43.21 
 
 
108 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
107 aa  60.8  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.84 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  32.69 
 
 
119 aa  60.1  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.45 
 
 
119 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
147 aa  57  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.02 
 
 
109 aa  57  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.76 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.86 
 
 
124 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.76 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.02 
 
 
109 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.06 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  31.68 
 
 
125 aa  54.3  0.0000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1430  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.56 
 
 
111 aa  54.3  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.34 
 
 
144 aa  53.5  0.0000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 
210 aa  53.5  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.58 
 
 
144 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
121 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  35.29 
 
 
92 aa  51.6  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.01 
 
 
121 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
130 aa  50.4  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.62 
 
 
147 aa  50.4  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  42.72 
 
 
131 aa  50.8  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.22 
 
 
228 aa  50.4  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  34.58 
 
 
129 aa  50.1  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  27 
 
 
116 aa  49.7  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.73 
 
 
139 aa  49.3  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  29.29 
 
 
120 aa  49.3  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  32.67 
 
 
145 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  46.3 
 
 
127 aa  48.9  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  29.29 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  29.29 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  31.73 
 
 
139 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.62 
 
 
150 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.35 
 
 
257 aa  48.1  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.05 
 
 
216 aa  47.8  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  30.1 
 
 
118 aa  47.4  0.00006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  46.67 
 
 
141 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
206 aa  47.4  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  35.62 
 
 
118 aa  47  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29 
 
 
155 aa  47.4  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.84 
 
 
112 aa  47  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.37 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.73 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
251 aa  46.2  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
122 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  31 
 
 
118 aa  46.2  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 
120 aa  47  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
136 aa  46.2  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.75 
 
 
131 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.76 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.75 
 
 
131 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  28.43 
 
 
117 aa  46.2  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 
112 aa  46.2  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.11 
 
 
258 aa  45.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
151 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.75 
 
 
131 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.39 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.75 
 
 
131 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.75 
 
 
131 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.91 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.37 
 
 
118 aa  45.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
176 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 
132 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 
140 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.71 
 
 
283 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.99 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.95 
 
 
132 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  41.46 
 
 
132 aa  45.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  43.4 
 
 
157 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
118 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.67 
 
 
218 aa  45.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.38 
 
 
147 aa  44.7  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.22 
 
 
155 aa  44.7  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  31.71 
 
 
119 aa  44.7  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.91 
 
 
124 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
118 aa  44.7  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.92 
 
 
140 aa  44.7  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  33 
 
 
120 aa  44.7  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  37.88 
 
 
122 aa  44.3  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  36.92 
 
 
124 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  46.34 
 
 
111 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.79 
 
 
134 aa  44.3  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>