233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1411 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  100 
 
 
92 aa  175  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
216 aa  53.9  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.1 
 
 
118 aa  53.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  45.1 
 
 
117 aa  53.5  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.33 
 
 
104 aa  52  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.33 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.8 
 
 
257 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.33 
 
 
231 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 
106 aa  51.6  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
118 aa  52  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  32.35 
 
 
105 aa  51.6  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.31 
 
 
119 aa  51.2  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
114 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.16 
 
 
206 aa  50.8  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.11 
 
 
124 aa  50.4  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.94 
 
 
120 aa  50.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  46 
 
 
118 aa  50.4  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.26 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.94 
 
 
176 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
210 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.67 
 
 
120 aa  49.3  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 
132 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
205 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
153 aa  48.1  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 
122 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
149 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
228 aa  47.8  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 
113 aa  47.8  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.11 
 
 
251 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  47.92 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46 
 
 
121 aa  47.8  0.00006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.05 
 
 
118 aa  47.4  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
115 aa  47  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
127 aa  47.4  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220382  normal  0.38393 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.5 
 
 
144 aa  47  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46 
 
 
114 aa  47  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 
155 aa  47  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  46.2  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  45.45 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.24 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
140 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
213 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  46.2  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  45.24 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  45.24 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
122 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.03 
 
 
149 aa  46.2  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  44 
 
 
283 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  44.07 
 
 
125 aa  46.2  0.0001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  46.67 
 
 
105 aa  46.2  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.34 
 
 
234 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  39.44 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1373  dnaK suppressor protein, putative  42 
 
 
123 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000567795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
122 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
110 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  38.46 
 
 
105 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  43.18 
 
 
136 aa  45.8  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 
147 aa  46.2  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
150 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1154  DnaK suppressor protein-like protein  42 
 
 
122 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0136974  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 
222 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
139 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
182 aa  45.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
107 aa  45.4  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  45.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
110 aa  45.4  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.56 
 
 
121 aa  45.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 
105 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.62 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
103 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  36.62 
 
 
151 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.55 
 
 
139 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.55 
 
 
139 aa  44.7  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>