89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4602 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 111 aa  220  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  100 
 
 		 111 aa  220  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  100 
 
 		 111 aa  220  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 119 aa  92  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 107 aa  84.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  46.6 
 
 		 111 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 111 aa  78.2  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  37.86 
 
 		 115 aa  70.9  0.000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 112 aa  68.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  38.24 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.96 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  26.55 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 212 aa  53.9  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  51.11 
 
 		 105 aa  52  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 206 aa  51.2  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.96 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  45.24 
 
 		 92 aa  47  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2035  serine phosphatase  39.62 
 
 		 341 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 129 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 119 aa  45.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 119 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  37.29 
 
 		 129 aa  44.3  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  38.64 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.58 
 
 		 126 aa  44.3  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.01 
 
 		 118 aa  43.9  0.0007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 		 122 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 		 228 aa  43.9  0.0008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 		 122 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  25 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  30.69 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  24.79 
 
 		 231 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.35 
 
 		 210 aa  43.5  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.71 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.31 
 
 		 213 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  38.54 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 121 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40.68 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  28.7 
 
 		 141 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 144 aa  42  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 120 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 139 aa  42  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  24.75 
 
 		 120 aa  42  0.003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  24.75 
 
 		 120 aa  42  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 103 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  24.75 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.43 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  39.71 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.27 
 
 		 269 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  41.67 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 251 aa  40.8  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  25.45 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  35.59 
 
 		 132 aa  40.8  0.007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.93 
 
 		 113 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.3 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 117 aa  40.4  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  39.53 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  33.64 
 
 		 138 aa  40  0.01  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>