54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2860 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  234  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.73 
 
 		 118 aa  176  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  65.55 
 
 		 119 aa  155  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.55 
 
 		 119 aa  155  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.55 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 119 aa  154  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 118 aa  154  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 119 aa  152  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 119 aa  147  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  60.5 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.78 
 
 		 118 aa  144  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 117 aa  124  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  44.17 
 
 		 123 aa  101  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  54.22 
 
 		 141 aa  97.1  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.64 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  33.33 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 120 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  31.48 
 
 		 132 aa  47  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.62 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.62 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  35.82 
 
 		 130 aa  44.7  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 129 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.62 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  47.62 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 114 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  40 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  47.62 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 111 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  32.91 
 
 		 105 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 257 aa  41.2  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.69 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.68 
 
 		 131 aa  41.2  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 92 aa  40.8  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  35.59 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 132 aa  40  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34 
 
 		 122 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>