37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2005 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  100 
 
 		 119 aa  238  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  95.8 
 
 		 119 aa  226  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  93.28 
 
 		 119 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  93.28 
 
 		 119 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 119 aa  206  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  83.19 
 
 		 119 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.35 
 
 		 119 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  83.19 
 
 		 119 aa  201  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  81.51 
 
 		 119 aa  200  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 118 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.18 
 
 		 117 aa  140  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  61.34 
 
 		 118 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 118 aa  131  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  48.36 
 
 		 123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  44.68 
 
 		 141 aa  98.6  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  36.59 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  28.32 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 		 144 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 		 144 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.71 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  39.71 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  39.71 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 144 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.75 
 
 		 120 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.75 
 
 		 120 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 120 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 		 117 aa  40  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 111 aa  40  0.01  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>