More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1557 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  270  5.000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 131 aa  117  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.24 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 130 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 130 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 130 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 256 aa  94.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 130 aa  94.4  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 130 aa  93.6  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 130 aa  93.6  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.53 
 
 		 135 aa  93.6  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 131 aa  86.7  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 117 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  37.14 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.67 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  29.91 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  31.9 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  36.84 
 
 		 124 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.9 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.62 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.73 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  53.66 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  26.27 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  36.9 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 114 aa  53.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.23 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 158 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  25.89 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  31.53 
 
 		 122 aa  52  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.07 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  41.07 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.73 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  51.2  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 124 aa  51.2  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  43.75 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.92 
 
 		 121 aa  51.2  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  26.83 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  39.71 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.87 
 
 		 218 aa  50.4  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 132 aa  50.4  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  38.24 
 
 		 120 aa  50.1  0.000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 123 aa  50.1  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  35.06 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  32 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  46 
 
 		 61 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  25.81 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.3 
 
 		 155 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  49.3  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.74 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  27.5 
 
 		 243 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  25.6 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30.77 
 
 		 283 aa  49.3  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  28.07 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 147 aa  48.5  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  28.07 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  28.07 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  28.07 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  25.44 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  28.07 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 120 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 129 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.83 
 
 		 120 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.82 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.52 
 
 		 210 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 146 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35 
 
 		 159 aa  47.4  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  28.32 
 
 		 123 aa  47.4  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  28.07 
 
 		 243 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 144 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 121 aa  47  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  35.19 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 144 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>