296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2010 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  100 
 
 
135 aa  275  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.74 
 
 
132 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.68 
 
 
131 aa  95.1  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  41.53 
 
 
132 aa  93.6  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
130 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
130 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
130 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
130 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
130 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
130 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  37.6 
 
 
131 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.8 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.8 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.8 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.8 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.8 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
256 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.16 
 
 
117 aa  77.4  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.16 
 
 
105 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.04 
 
 
130 aa  71.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  36.13 
 
 
124 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
130 aa  67  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  54 
 
 
122 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  34.21 
 
 
119 aa  60.1  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  53.7 
 
 
61 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.43 
 
 
124 aa  58.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.57 
 
 
120 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.57 
 
 
120 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  52 
 
 
123 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.51 
 
 
113 aa  55.1  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.54 
 
 
150 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.54 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
122 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.35 
 
 
121 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.03 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  32.2 
 
 
243 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  32.2 
 
 
243 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  32.2 
 
 
243 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.68 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.12 
 
 
115 aa  51.6  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  31.36 
 
 
243 aa  51.6  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  31.36 
 
 
243 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 
121 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  31.36 
 
 
243 aa  51.6  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
114 aa  51.6  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  38 
 
 
114 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  31.36 
 
 
243 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  28.8 
 
 
162 aa  51.2  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.1 
 
 
154 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.05 
 
 
120 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  28.1 
 
 
154 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  29.41 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.9 
 
 
150 aa  50.4  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.03 
 
 
106 aa  50.8  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  30.97 
 
 
119 aa  50.4  0.000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  38.27 
 
 
153 aa  50.4  0.000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.12 
 
 
121 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  27.59 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  26.72 
 
 
143 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  33.64 
 
 
129 aa  50.1  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.23 
 
 
146 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.64 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.36 
 
 
243 aa  50.1  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
110 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.71 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.97 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.59 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.71 
 
 
138 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.16 
 
 
405 aa  49.3  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.45 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
121 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.65 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  30.51 
 
 
243 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.45 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
129 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.59 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.25 
 
 
130 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  26.72 
 
 
151 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
126 aa  48.5  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.76 
 
 
140 aa  48.9  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  29.41 
 
 
130 aa  48.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  27.59 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.67 
 
 
213 aa  48.1  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  35.51 
 
 
127 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.32 
 
 
116 aa  48.1  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  26.72 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.23 
 
 
158 aa  48.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.46 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
313 aa  47.8  0.00005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.95 
 
 
139 aa  47.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.72 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 
243 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.95 
 
 
313 aa  47.8  0.00005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.89 
 
 
139 aa  48.1  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>