More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2675 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
132 aa  265  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  49.24 
 
 
132 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.69 
 
 
131 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.74 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.38 
 
 
131 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.38 
 
 
131 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.38 
 
 
131 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.38 
 
 
131 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.38 
 
 
131 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.74 
 
 
105 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  44.62 
 
 
131 aa  99.8  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.74 
 
 
117 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.98 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.98 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.98 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.43 
 
 
130 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.43 
 
 
130 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.43 
 
 
130 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 
256 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  39.66 
 
 
124 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.61 
 
 
130 aa  65.5  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.83 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  39.29 
 
 
130 aa  60.8  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
123 aa  60.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.51 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.51 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  26.27 
 
 
129 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.95 
 
 
130 aa  58.2  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.77 
 
 
121 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.51 
 
 
121 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.14 
 
 
130 aa  57.4  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 
130 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
120 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  35.65 
 
 
122 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.6 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.85 
 
 
114 aa  53.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  47.17 
 
 
61 aa  53.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.09 
 
 
126 aa  52.4  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  31.19 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.37 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.95 
 
 
114 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.32 
 
 
122 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.91 
 
 
218 aa  52  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
106 aa  51.2  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 
120 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.77 
 
 
124 aa  50.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.83 
 
 
405 aa  50.4  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.76 
 
 
121 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33 
 
 
313 aa  49.7  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  33 
 
 
313 aa  49.3  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.03 
 
 
142 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.6 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.68 
 
 
133 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  34.23 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.74 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.09 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  29.41 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
132 aa  48.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.48 
 
 
149 aa  48.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.78 
 
 
138 aa  48.5  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
122 aa  48.5  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.21 
 
 
275 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.13 
 
 
146 aa  47.8  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.43 
 
 
146 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 
257 aa  47.8  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.88 
 
 
110 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.25 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  29.13 
 
 
146 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.25 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 
115 aa  47.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.89 
 
 
228 aa  47.8  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.25 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  52.94 
 
 
105 aa  47.4  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
120 aa  47.8  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
121 aa  47.4  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.43 
 
 
158 aa  47.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.52 
 
 
269 aa  47.4  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0676  hypothetical protein  30 
 
 
138 aa  47  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  32.94 
 
 
127 aa  47  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.91 
 
 
144 aa  47  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.07 
 
 
134 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
118 aa  47  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  47  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
154 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.5 
 
 
137 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29 
 
 
139 aa  46.6  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
216 aa  47  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
116 aa  46.6  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  39.68 
 
 
154 aa  46.6  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.45 
 
 
119 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.08 
 
 
138 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.46 
 
 
139 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.33 
 
 
120 aa  46.6  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
117 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.68 
 
 
154 aa  46.6  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.64 
 
 
213 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  52.5 
 
 
115 aa  46.2  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.91 
 
 
139 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  32.91 
 
 
139 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
134 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>