More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0212 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  100 
 
 
118 aa  234  4e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  53.45 
 
 
120 aa  121  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  53.45 
 
 
120 aa  121  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  52.59 
 
 
120 aa  120  6e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.49 
 
 
122 aa  99.8  1e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.55 
 
 
116 aa  98.6  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  43.86 
 
 
119 aa  97.4  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  37.93 
 
 
117 aa  97.1  8e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.74 
 
 
118 aa  96.7  1e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.64 
 
 
118 aa  92  3e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.73 
 
 
118 aa  72.4  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
118 aa  70.9  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.7 
 
 
120 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.7 
 
 
120 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.7 
 
 
120 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.7 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.09 
 
 
118 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.09 
 
 
118 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.71 
 
 
120 aa  63.5  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.62 
 
 
120 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.27 
 
 
124 aa  62.8  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  26.27 
 
 
118 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
120 aa  60.5  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  34.48 
 
 
119 aa  60.5  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.9 
 
 
210 aa  59.7  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.32 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
257 aa  58.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
114 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.61 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.93 
 
 
122 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
118 aa  58.2  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.27 
 
 
120 aa  57.8  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  27.83 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  27.59 
 
 
118 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
118 aa  57.4  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.2 
 
 
144 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.2 
 
 
144 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.04 
 
 
147 aa  57  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.82 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.48 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.46 
 
 
218 aa  55.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  34.86 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
243 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  27.83 
 
 
283 aa  55.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  32 
 
 
236 aa  54.7  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.93 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.61 
 
 
145 aa  54.3  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.09 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 
144 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.65 
 
 
243 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  23.15 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.36 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.04 
 
 
243 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.48 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.22 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.72 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 
132 aa  52.8  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.97 
 
 
124 aa  53.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.87 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.86 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.19 
 
 
134 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.89 
 
 
122 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.7 
 
 
130 aa  52.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  24.58 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  24.56 
 
 
139 aa  52  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  28.44 
 
 
105 aa  52  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.89 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.73 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.65 
 
 
243 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  25.64 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.25 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.64 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  24.56 
 
 
139 aa  52  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.93 
 
 
130 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.42 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  25.42 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  24.77 
 
 
147 aa  51.2  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  30 
 
 
110 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.68 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  34.78 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  34.78 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  34.78 
 
 
243 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  34.78 
 
 
243 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.13 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  27.97 
 
 
138 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.13 
 
 
113 aa  50.8  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.79 
 
 
527 aa  50.8  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  24.14 
 
 
155 aa  50.8  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  32.08 
 
 
243 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
149 aa  50.4  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.48 
 
 
213 aa  50.8  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  26.27 
 
 
138 aa  50.4  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
106 aa  50.4  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.43 
 
 
140 aa  50.4  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.82 
 
 
121 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.25 
 
 
103 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.97 
 
 
140 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  26.27 
 
 
138 aa  50.4  0.000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>