More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3752 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  100 
 
 
110 aa  214  2.9999999999999998e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.48 
 
 
111 aa  113  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.45 
 
 
108 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.54 
 
 
118 aa  94  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0744  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.21 
 
 
112 aa  90.5  8e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.186685  normal  0.0218217 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  47.57 
 
 
129 aa  88.2  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.11 
 
 
112 aa  84  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.23 
 
 
117 aa  81.6  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.55 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  44.55 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.47 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.6 
 
 
132 aa  67.8  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.7 
 
 
126 aa  67.4  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41 
 
 
155 aa  65.1  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.8 
 
 
109 aa  64.7  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40 
 
 
283 aa  62  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.32 
 
 
269 aa  61.6  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.11 
 
 
253 aa  60.1  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.27 
 
 
150 aa  60.1  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.78 
 
 
212 aa  58.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.14 
 
 
212 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.39 
 
 
527 aa  58.5  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
243 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.85 
 
 
243 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.85 
 
 
243 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.68 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.29 
 
 
176 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.39 
 
 
121 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
117 aa  57.4  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.03 
 
 
206 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  39.71 
 
 
243 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.44 
 
 
243 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.71 
 
 
243 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.14 
 
 
136 aa  56.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.12 
 
 
228 aa  56.6  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  38.03 
 
 
243 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 
243 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  38.24 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  38.24 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  38.24 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  32.38 
 
 
236 aa  55.8  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.96 
 
 
275 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.63 
 
 
121 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6416  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.19 
 
 
120 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0580522  hitchhiker  0.0061347 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  38.38 
 
 
153 aa  54.7  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  55.56 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  37.62 
 
 
111 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.26 
 
 
122 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.61 
 
 
213 aa  53.9  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.71 
 
 
251 aa  53.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.36 
 
 
210 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.24 
 
 
131 aa  52.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.14 
 
 
159 aa  52.4  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4875  hypothetical protein  34.91 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107762  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
121 aa  52.8  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.05 
 
 
103 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 
116 aa  51.6  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  43.08 
 
 
122 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.1 
 
 
122 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.1 
 
 
122 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
119 aa  52  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
139 aa  52  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  30 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  47.83 
 
 
138 aa  51.2  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  47.83 
 
 
138 aa  51.2  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
140 aa  51.6  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.71 
 
 
130 aa  51.2  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.18 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.1 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
138 aa  50.8  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  40.21 
 
 
105 aa  50.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.65 
 
 
109 aa  50.8  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.75 
 
 
147 aa  50.8  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  34.38 
 
 
120 aa  50.4  0.000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
121 aa  50.4  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.73 
 
 
104 aa  50.4  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  34.38 
 
 
120 aa  50.4  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  48.21 
 
 
92 aa  50.4  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
118 aa  50.4  0.000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  32.81 
 
 
120 aa  50.1  0.000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
140 aa  50.4  0.000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.43 
 
 
118 aa  50.4  0.000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.16 
 
 
106 aa  50.4  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.91 
 
 
105 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.84 
 
 
116 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.14 
 
 
234 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  39.58 
 
 
141 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.86 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  45.65 
 
 
146 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  46.94 
 
 
147 aa  49.7  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.85 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  46.94 
 
 
149 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
118 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>