282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1198 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
103 aa  204  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  56.99 
 
 
108 aa  103  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60560  hypothetical protein  67.01 
 
 
108 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.654182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5217  hypothetical protein  67.01 
 
 
108 aa  84  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  45.24 
 
 
104 aa  80.5  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.55 
 
 
114 aa  78.2  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  41.18 
 
 
105 aa  76.6  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
109 aa  71.2  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
105 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  38.1 
 
 
105 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  41.24 
 
 
105 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
105 aa  64.3  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
114 aa  63.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.21 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  42.39 
 
 
110 aa  61.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.77 
 
 
104 aa  59.7  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.39 
 
 
108 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.25 
 
 
109 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
121 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.43 
 
 
106 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.82 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  41.67 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.25 
 
 
111 aa  56.6  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 
118 aa  55.5  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.03 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.02 
 
 
283 aa  54.7  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  33.66 
 
 
125 aa  54.7  0.0000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.43 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.51 
 
 
139 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.35 
 
 
106 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.03 
 
 
119 aa  53.9  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.58 
 
 
121 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.99 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.99 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  35.05 
 
 
119 aa  52.8  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
130 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0744  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.38 
 
 
112 aa  52  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.186685  normal  0.0218217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  45.61 
 
 
122 aa  51.6  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2444  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.27 
 
 
102 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.689651  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
155 aa  51.6  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.16 
 
 
527 aa  50.8  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
103 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
103 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
269 aa  49.7  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  30.56 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
213 aa  50.1  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.14 
 
 
146 aa  50.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.85 
 
 
216 aa  49.7  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.03 
 
 
115 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.22 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.5 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  36.62 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.31 
 
 
228 aa  49.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
132 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  46.51 
 
 
236 aa  49.3  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.53 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.25 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.88 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
176 aa  48.5  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.77 
 
 
144 aa  48.5  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  40 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.14 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.66 
 
 
142 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.24 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  28 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
112 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
275 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
120 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
256 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  28.44 
 
 
132 aa  47.8  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.16 
 
 
144 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.27 
 
 
110 aa  47.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.23 
 
 
257 aa  47.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.5 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.38 
 
 
150 aa  47.4  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.82 
 
 
122 aa  47.8  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
118 aa  47.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.62 
 
 
122 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
114 aa  47.4  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 
119 aa  47.8  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
113 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.99 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.05 
 
 
122 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.58 
 
 
149 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
116 aa  47.4  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
159 aa  47.4  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.76 
 
 
124 aa  47.4  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 
212 aa  47.4  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
116 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
120 aa  47  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>