More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1082 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
150 aa  305  1.0000000000000001e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  66.9 
 
 
153 aa  190  7e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  62.14 
 
 
157 aa  165  2e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  65.65 
 
 
150 aa  157  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.33 
 
 
275 aa  154  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.69 
 
 
159 aa  150  5e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.3 
 
 
136 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  52.34 
 
 
283 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.68 
 
 
133 aa  131  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.38 
 
 
527 aa  123  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  47.62 
 
 
236 aa  114  6.9999999999999995e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48.72 
 
 
139 aa  105  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.72 
 
 
139 aa  105  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.97 
 
 
155 aa  104  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.59 
 
 
132 aa  88.6  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  49.41 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.4 
 
 
121 aa  81.6  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.4 
 
 
121 aa  81.3  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.75 
 
 
126 aa  73.6  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.89 
 
 
176 aa  70.9  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.09 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  34.86 
 
 
118 aa  67  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.7 
 
 
207 aa  67  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.33 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  38.79 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.24 
 
 
124 aa  65.5  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
146 aa  65.5  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.71 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.76 
 
 
118 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  44 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  44 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.67 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.98 
 
 
144 aa  63.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  37 
 
 
257 aa  62.4  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  35.9 
 
 
134 aa  62  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.36 
 
 
120 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
231 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.43 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.96 
 
 
137 aa  62  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
158 aa  61.6  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.13 
 
 
118 aa  61.6  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.06 
 
 
140 aa  61.6  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  42.67 
 
 
138 aa  61.6  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.13 
 
 
121 aa  61.6  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.39 
 
 
206 aa  61.2  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.75 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  30.92 
 
 
145 aa  61.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.95 
 
 
251 aa  61.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34 
 
 
118 aa  61.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34 
 
 
118 aa  61.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
140 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  33.66 
 
 
118 aa  60.8  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  40 
 
 
134 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  32.24 
 
 
154 aa  60.8  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.19 
 
 
139 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.24 
 
 
154 aa  60.8  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  36.63 
 
 
139 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.99 
 
 
120 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 
139 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  60.1  0.000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.19 
 
 
138 aa  60.1  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.95 
 
 
258 aa  60.1  0.000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.96 
 
 
139 aa  60.1  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.96 
 
 
212 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  42.67 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
120 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.99 
 
 
120 aa  59.7  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.86 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  36.27 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
165 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  42.67 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.73 
 
 
450 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.77 
 
 
144 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.33 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
143 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
132 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35.45 
 
 
122 aa  58.2  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.25 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  36.46 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.86 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  36.46 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  36.46 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  36.46 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.53 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  36.46 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>