More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0100 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
130 aa  260  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.3 
 
 
130 aa  86.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.28 
 
 
130 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.28 
 
 
130 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 
130 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.79 
 
 
256 aa  77.4  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.21 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.64 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.97 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 
150 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.97 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.83 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.18 
 
 
135 aa  67  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.88 
 
 
131 aa  67  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.45 
 
 
117 aa  67  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  37.7 
 
 
122 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.68 
 
 
126 aa  65.5  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.28 
 
 
124 aa  64.3  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.83 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  41 
 
 
123 aa  62  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.1 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.85 
 
 
115 aa  60.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.88 
 
 
122 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  43.84 
 
 
124 aa  60.1  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.67 
 
 
121 aa  60.1  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  54.9 
 
 
61 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  50 
 
 
132 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.64 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
114 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.65 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.65 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  33.06 
 
 
147 aa  58.2  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
116 aa  58.5  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.47 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.83 
 
 
132 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
121 aa  58.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  33.06 
 
 
149 aa  57.8  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 
121 aa  57.8  0.00000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.11 
 
 
140 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.07 
 
 
118 aa  56.2  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 
121 aa  56.2  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.22 
 
 
121 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35.58 
 
 
122 aa  55.5  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  29.51 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 
110 aa  54.7  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  42.19 
 
 
119 aa  54.3  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 
139 aa  54.3  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  47.83 
 
 
139 aa  54.3  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.73 
 
 
154 aa  54.3  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  32.73 
 
 
154 aa  54.3  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  35.11 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.21 
 
 
140 aa  53.9  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
106 aa  53.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  31.82 
 
 
143 aa  53.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.2 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.27 
 
 
155 aa  53.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  40 
 
 
134 aa  52  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
253 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.06 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.62 
 
 
269 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
120 aa  52  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  40 
 
 
134 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.2 
 
 
113 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.57 
 
 
118 aa  51.6  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  42.86 
 
 
134 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.98 
 
 
130 aa  51.2  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  32.71 
 
 
110 aa  51.2  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.17 
 
 
119 aa  51.6  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.5 
 
 
122 aa  51.6  0.000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
103 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
134 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.51 
 
 
213 aa  50.8  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.75 
 
 
251 aa  50.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6415  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 
110 aa  50.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.143253  normal  0.0110238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  43.66 
 
 
105 aa  50.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.24 
 
 
111 aa  50.4  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
134 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
176 aa  50.4  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.11 
 
 
118 aa  50.4  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  34.78 
 
 
104 aa  50.1  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  42.62 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.07 
 
 
145 aa  49.7  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
218 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.95 
 
 
243 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.07 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.97 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
527 aa  49.3  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>