214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2286 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
144 aa  296  9e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  88.89 
 
 
144 aa  270  4.0000000000000004e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.97 
 
 
144 aa  270  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  93.23 
 
 
144 aa  261  3e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  87.31 
 
 
145 aa  244  2e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  80.69 
 
 
147 aa  244  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  79.31 
 
 
146 aa  233  6e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.65 
 
 
149 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  36 
 
 
126 aa  89  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  34.62 
 
 
259 aa  87.8  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 
128 aa  82  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  38.52 
 
 
126 aa  80.1  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.76 
 
 
348 aa  77.4  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.4 
 
 
127 aa  74.7  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.93 
 
 
117 aa  72  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.62 
 
 
126 aa  70.9  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  34.82 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.63 
 
 
127 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
297 aa  68.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  32.46 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.52 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
138 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  32.52 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.52 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.52 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.72 
 
 
253 aa  66.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  32.52 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.88 
 
 
243 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  31.58 
 
 
128 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.52 
 
 
158 aa  61.2  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  31.67 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.71 
 
 
137 aa  60.8  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35 
 
 
126 aa  60.1  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.25 
 
 
206 aa  59.7  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.34 
 
 
207 aa  59.3  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 
251 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.89 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.09 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.54 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.98 
 
 
144 aa  58.5  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.52 
 
 
154 aa  58.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.86 
 
 
213 aa  58.2  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  32.52 
 
 
154 aa  58.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 
142 aa  57.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.52 
 
 
243 aa  57.8  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
234 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.71 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.45 
 
 
149 aa  57.4  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.4 
 
 
159 aa  57  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.08 
 
 
139 aa  57  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  32.23 
 
 
243 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.52 
 
 
138 aa  56.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  31.4 
 
 
243 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.28 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.08 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 
138 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  31.4 
 
 
243 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.08 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  31.4 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.27 
 
 
139 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.27 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  29.27 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.43 
 
 
144 aa  55.5  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.34 
 
 
115 aa  55.5  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  31.4 
 
 
243 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.84 
 
 
228 aa  55.1  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 
138 aa  55.1  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.27 
 
 
139 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.02 
 
 
212 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.84 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.93 
 
 
212 aa  54.3  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
140 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  28.46 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.98 
 
 
113 aa  53.9  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  30.58 
 
 
243 aa  53.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  30.58 
 
 
243 aa  53.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  30.58 
 
 
158 aa  53.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  30.58 
 
 
243 aa  53.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.58 
 
 
158 aa  53.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  30.58 
 
 
243 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  30.16 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.09 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  29.23 
 
 
134 aa  52.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  29.27 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 
158 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  32.04 
 
 
119 aa  52  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.08 
 
 
143 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.91 
 
 
109 aa  51.6  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.27 
 
 
134 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 
269 aa  51.6  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.37 
 
 
146 aa  51.6  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.08 
 
 
143 aa  51.6  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.45 
 
 
146 aa  50.8  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  27.64 
 
 
138 aa  51.2  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  29.6 
 
 
157 aa  50.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.64 
 
 
142 aa  50.8  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.67 
 
 
205 aa  50.4  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.43 
 
 
150 aa  50.4  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  27.43 
 
 
105 aa  50.4  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>