148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1204 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 134 aa  268  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.77 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 121 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 130 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 105 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 105 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  33.96 
 
 		 105 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  27.97 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.75 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  35.71 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.75 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  38.18 
 
 		 122 aa  51.2  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.95 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.51 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35.85 
 
 		 122 aa  50.4  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  31.25 
 
 		 118 aa  50.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.56 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  31.54 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.39 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.36 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 258 aa  47  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  31.09 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 130 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 130 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 130 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.07 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.25 
 
 		 114 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  37.84 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  27.97 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  27.97 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.19 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 150 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  31.91 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 129 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.65 
 
 		 222 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 		 151 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  32.18 
 
 		 135 aa  45.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.03 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 144 aa  45.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.14 
 
 		 103 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  29.91 
 
 		 119 aa  44.7  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  34.23 
 
 		 105 aa  44.3  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.91 
 
 		 134 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.21 
 
 		 120 aa  44.3  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  33.62 
 
 		 127 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 212 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  30 
 
 		 132 aa  43.9  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.25 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.25 
 
 		 126 aa  43.9  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.03 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.14 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  39.13 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 111 aa  43.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.16 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.97 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.56 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  39.13 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.41 
 
 		 205 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  25.44 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.77 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 158 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  40.98 
 
 		 61 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 120 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  26.36 
 
 		 118 aa  42  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 130 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 106 aa  41.6  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  29.6 
 
 		 146 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.21 
 
 		 120 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  26.52 
 
 		 151 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  26.52 
 
 		 151 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 130 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>