More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0615 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
124 aa  245  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.93 
 
 
122 aa  137  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.84 
 
 
121 aa  73.2  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.84 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.45 
 
 
126 aa  70.9  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  35.59 
 
 
119 aa  67  0.00000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.28 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  61.9 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  36.89 
 
 
122 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.28 
 
 
120 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.28 
 
 
120 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
118 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
118 aa  61.6  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 
121 aa  60.8  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.91 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  31.19 
 
 
117 aa  60.1  0.000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.52 
 
 
118 aa  59.3  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.82 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.28 
 
 
218 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  46.55 
 
 
61 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  33.61 
 
 
122 aa  58.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.43 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.29 
 
 
155 aa  57.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
151 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.27 
 
 
111 aa  57.4  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.49 
 
 
110 aa  57.4  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.91 
 
 
146 aa  57  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  33.33 
 
 
119 aa  57  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.86 
 
 
114 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.86 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.86 
 
 
251 aa  56.6  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.09 
 
 
210 aa  55.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  32.2 
 
 
157 aa  55.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.86 
 
 
106 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.7 
 
 
121 aa  55.5  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.13 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  33.9 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.13 
 
 
150 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  34.78 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
142 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.13 
 
 
128 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
143 aa  54.3  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
141 aa  54.3  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
148 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  34.65 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.58 
 
 
147 aa  53.9  0.0000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  34.58 
 
 
145 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.45 
 
 
131 aa  53.9  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
120 aa  53.9  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  29.03 
 
 
148 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0715  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.68 
 
 
139 aa  53.5  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000696876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  32.17 
 
 
148 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.03 
 
 
148 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  32.17 
 
 
148 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  31.53 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.84 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.75 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  27.97 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  34.75 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  31.3 
 
 
145 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.38 
 
 
258 aa  53.1  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.9 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3206  dnaK suppressor protein, putative  40.45 
 
 
139 aa  52  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000255465  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.51 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.97 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
106 aa  52.4  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  33.03 
 
 
152 aa  52.4  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  36.45 
 
 
105 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  33.04 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  33.68 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
130 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.2 
 
 
234 aa  52  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
114 aa  52  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  33.68 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
139 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  30.43 
 
 
146 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
134 aa  51.6  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
118 aa  51.6  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  34.78 
 
 
146 aa  52  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.61 
 
 
144 aa  51.6  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
130 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
132 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.27 
 
 
131 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.61 
 
 
144 aa  52  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.57 
 
 
146 aa  51.6  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
146 aa  52  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  41.56 
 
 
162 aa  51.6  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.05 
 
 
144 aa  51.6  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.61 
 
 
144 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.77 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
147 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
115 aa  51.2  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  33.68 
 
 
182 aa  51.6  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.77 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>