More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1282 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  100 
 
 
152 aa  314  3e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.05 
 
 
222 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.83 
 
 
205 aa  63.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.55 
 
 
121 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
155 aa  60.1  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.43 
 
 
114 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
251 aa  59.3  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.89 
 
 
216 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.02 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.49 
 
 
212 aa  58.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  53.85 
 
 
153 aa  58.2  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.71 
 
 
176 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
120 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.92 
 
 
120 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.83 
 
 
120 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 
120 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.08 
 
 
150 aa  57.4  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
120 aa  57.4  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.25 
 
 
120 aa  57  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
234 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.31 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48.98 
 
 
283 aa  56.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30.84 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.84 
 
 
139 aa  56.2  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.64 
 
 
207 aa  55.8  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.63 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
140 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.09 
 
 
257 aa  55.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.49 
 
 
218 aa  55.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.68 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  43.86 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
120 aa  54.7  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.51 
 
 
120 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.23 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
228 aa  54.7  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.3 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.23 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
258 aa  54.3  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.04 
 
 
213 aa  53.9  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.27 
 
 
136 aa  53.9  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 
253 aa  53.9  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  33.33 
 
 
130 aa  53.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 
132 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
212 aa  53.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.63 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.4 
 
 
118 aa  52.8  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
124 aa  52.4  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.83 
 
 
118 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.83 
 
 
118 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
269 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.7 
 
 
210 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.62 
 
 
120 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.12 
 
 
130 aa  51.6  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.56 
 
 
110 aa  51.6  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
144 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.68 
 
 
114 aa  52  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  33.02 
 
 
134 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.33 
 
 
128 aa  51.6  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.02 
 
 
159 aa  51.6  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  33.33 
 
 
124 aa  51.2  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 
106 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  34.88 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
144 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
150 aa  51.2  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  34 
 
 
134 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  48.98 
 
 
122 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 
231 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  40.82 
 
 
127 aa  51.2  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.88 
 
 
138 aa  50.8  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
118 aa  50.4  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
120 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
206 aa  50.4  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  39.29 
 
 
125 aa  50.4  0.000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  50.4  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  41.18 
 
 
119 aa  50.4  0.000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
155 aa  50.4  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
118 aa  50.4  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.25 
 
 
243 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.41 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
132 aa  49.7  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.04 
 
 
124 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.41 
 
 
122 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.48 
 
 
132 aa  50.1  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.92 
 
 
527 aa  50.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  45.83 
 
 
236 aa  49.3  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.91 
 
 
121 aa  49.7  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  32 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.88 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.62 
 
 
119 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 
129 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.14 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.02 
 
 
142 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
275 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
111 aa  48.9  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.71 
 
 
133 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0715  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000696876  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.48 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  32.61 
 
 
122 aa  48.9  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>