More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1052 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
122 aa  245  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.93 
 
 
124 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.87 
 
 
121 aa  69.3  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
121 aa  67  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  46.15 
 
 
132 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  35.71 
 
 
119 aa  64.3  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.93 
 
 
234 aa  62  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.77 
 
 
118 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.25 
 
 
119 aa  62  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.09 
 
 
118 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.45 
 
 
118 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.45 
 
 
118 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.88 
 
 
130 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
120 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  33.33 
 
 
141 aa  60.5  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.44 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.69 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.26 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.23 
 
 
251 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.33 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.24 
 
 
144 aa  59.3  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.55 
 
 
212 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.33 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.33 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  34.48 
 
 
117 aa  58.2  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  30.7 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.74 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.74 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
103 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.17 
 
 
121 aa  57.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
103 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.58 
 
 
118 aa  57.4  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.2 
 
 
127 aa  57.4  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220382  normal  0.38393 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 
118 aa  57.8  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.46 
 
 
113 aa  57.4  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.54 
 
 
527 aa  57  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
120 aa  57  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.19 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.9 
 
 
137 aa  56.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  31.36 
 
 
154 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.65 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.83 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 
144 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.82 
 
 
104 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.36 
 
 
154 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.19 
 
 
283 aa  56.6  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
213 aa  55.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.84 
 
 
150 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
126 aa  55.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.05 
 
 
158 aa  55.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.28 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  32.48 
 
 
147 aa  55.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.84 
 
 
128 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
130 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  33.65 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  52.94 
 
 
61 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  42.65 
 
 
119 aa  55.1  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.35 
 
 
110 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.54 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
120 aa  54.7  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.36 
 
 
155 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
122 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.15 
 
 
135 aa  54.7  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.7 
 
 
119 aa  54.3  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  34.26 
 
 
110 aa  54.3  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.97 
 
 
132 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 
140 aa  53.9  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  54.3  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.78 
 
 
147 aa  54.3  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
122 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  38.81 
 
 
120 aa  53.9  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  43.06 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
120 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  31.93 
 
 
146 aa  53.9  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  38.81 
 
 
120 aa  53.5  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
131 aa  53.9  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  32.2 
 
 
157 aa  53.5  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.86 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  38.81 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.8 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  32.8 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.71 
 
 
216 aa  53.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.8 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.8 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  36.54 
 
 
105 aa  52.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  25.89 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.8 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.8 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.8 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.98 
 
 
116 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.97 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  31.71 
 
 
122 aa  52.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>