More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_2782 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
128 aa  248  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
150 aa  248  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.84 
 
 
122 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.07 
 
 
115 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.13 
 
 
124 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  36.29 
 
 
122 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.42 
 
 
283 aa  63.5  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  32.26 
 
 
236 aa  63.2  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.5 
 
 
155 aa  62.8  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  35.54 
 
 
135 aa  62  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.54 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.75 
 
 
130 aa  62.8  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
118 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
118 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.03 
 
 
126 aa  61.2  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.36 
 
 
118 aa  61.2  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
138 aa  60.8  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.71 
 
 
139 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
256 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.03 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
139 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.94 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.19 
 
 
118 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.34 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.34 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.34 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  34.11 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
149 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.02 
 
 
121 aa  58.5  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.11 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.27 
 
 
121 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  31.86 
 
 
118 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  32.54 
 
 
132 aa  57.4  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.08 
 
 
162 aa  57  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.51 
 
 
120 aa  57  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.13 
 
 
121 aa  57  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.33 
 
 
110 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.19 
 
 
134 aa  57  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.06 
 
 
158 aa  56.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.32 
 
 
123 aa  56.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.4 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.62 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.56 
 
 
122 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.5 
 
 
131 aa  55.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 
527 aa  55.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  53.06 
 
 
122 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.56 
 
 
122 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.51 
 
 
130 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.33 
 
 
110 aa  55.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.58 
 
 
120 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.58 
 
 
120 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  31.71 
 
 
147 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  55.1  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  30.33 
 
 
149 aa  54.7  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 
119 aa  54.7  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  34.78 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.27 
 
 
121 aa  54.3  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.07 
 
 
146 aa  54.3  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
120 aa  53.9  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.9 
 
 
131 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.36 
 
 
127 aa  54.3  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220382  normal  0.38393 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  38.27 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.07 
 
 
132 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  33.87 
 
 
153 aa  53.9  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  38.27 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.42 
 
 
116 aa  53.9  0.0000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.88 
 
 
139 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  39.74 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.88 
 
 
139 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.52 
 
 
103 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.06 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.74 
 
 
138 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.66 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.45 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
139 aa  53.5  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.42 
 
 
111 aa  53.5  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  43.64 
 
 
134 aa  52.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.74 
 
 
138 aa  52.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.74 
 
 
138 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>