226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3893 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  267  4e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  68.64 
 
 		 119 aa  142  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  45.92 
 
 		 111 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 112 aa  72.4  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  41.41 
 
 		 117 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  46.75 
 
 		 115 aa  68.6  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.44 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.53 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 119 aa  65.1  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.8 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.33 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  52.63 
 
 		 148 aa  50.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  37.97 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  37.97 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.97 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  50 
 
 		 136 aa  49.3  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 155 aa  48.9  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.71 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 		 236 aa  48.5  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 130 aa  48.9  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 141 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 		 223 aa  47.8  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 165 aa  47.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.63 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 164 aa  47.4  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  47.37 
 
 		 151 aa  47.8  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  47.37 
 
 		 151 aa  47.8  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  46 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  51.43 
 
 		 149 aa  47  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 147 aa  47  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  51.43 
 
 		 147 aa  47  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  47.37 
 
 		 182 aa  47  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  51.43 
 
 		 147 aa  47  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  50 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 147 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  47.37 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 281 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  46 
 
 		 126 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30.28 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  51.43 
 
 		 148 aa  46.2  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  52.94 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.74 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  42.5 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  46.15 
 
 		 148 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 139 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  60 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 148 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  44.74 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  51.43 
 
 		 148 aa  46.2  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  47.37 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.74 
 
 		 122 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 		 223 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 143 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  51.43 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  46.15 
 
 		 148 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  51.43 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 		 223 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  31.17 
 
 		 110 aa  45.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  47.37 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  42.5 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 278 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 144 aa  45.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  52.63 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  28.97 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  48.57 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 138 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 138 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>