More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3073 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  100 
 
 
115 aa  227  5e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.64 
 
 
111 aa  93.2  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.16 
 
 
110 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.16 
 
 
110 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.57 
 
 
107 aa  86.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  41.44 
 
 
111 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.2 
 
 
119 aa  79.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
119 aa  72.4  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.75 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
110 aa  70.9  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  37.86 
 
 
111 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  37.86 
 
 
111 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.86 
 
 
111 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  44.12 
 
 
119 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  36.94 
 
 
143 aa  65.5  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 
112 aa  65.1  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  38.61 
 
 
117 aa  62.8  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
112 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.36 
 
 
150 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  38.46 
 
 
147 aa  57.4  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  35.04 
 
 
141 aa  57.4  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  36.04 
 
 
156 aa  57.8  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.82 
 
 
151 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  37.74 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  29.41 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  53.66 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  31.53 
 
 
146 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  34.23 
 
 
148 aa  55.1  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  28.57 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  28.57 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
147 aa  54.3  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.45 
 
 
122 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.37 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
147 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.23 
 
 
141 aa  53.5  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  34.23 
 
 
148 aa  53.5  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.51 
 
 
113 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
143 aa  53.5  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  34.23 
 
 
148 aa  53.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
144 aa  52.8  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.63 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 
144 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.55 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.25 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.71 
 
 
145 aa  52  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  32.43 
 
 
154 aa  51.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  33.33 
 
 
143 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  33.33 
 
 
143 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.67 
 
 
162 aa  52  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.43 
 
 
154 aa  51.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.67 
 
 
162 aa  51.6  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  30.7 
 
 
117 aa  52  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  33.65 
 
 
146 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0835  hypothetical protein  33.65 
 
 
146 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111035 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.43 
 
 
140 aa  51.2  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  35.14 
 
 
152 aa  51.2  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  31.48 
 
 
148 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.48 
 
 
148 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.65 
 
 
121 aa  50.4  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.43 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  46 
 
 
110 aa  50.4  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.82 
 
 
142 aa  50.4  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
149 aa  50.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.81 
 
 
132 aa  49.7  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.54 
 
 
151 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  41.27 
 
 
147 aa  49.7  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  46.81 
 
 
132 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 
121 aa  49.7  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.53 
 
 
144 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0698  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.53 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370209  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  41.27 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
218 aa  48.9  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
182 aa  49.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  42.86 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.34 
 
 
429 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.43 
 
 
140 aa  48.9  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>