223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3949 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  100 
 
 
119 aa  234  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  68.64 
 
 
131 aa  161  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.94 
 
 
110 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.82 
 
 
107 aa  76.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  44.12 
 
 
115 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  40.82 
 
 
111 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
119 aa  70.1  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  39.81 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.21 
 
 
112 aa  67  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.37 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
112 aa  65.5  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.65 
 
 
113 aa  60.8  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.42 
 
 
111 aa  58.2  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.85 
 
 
119 aa  57.4  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  38.96 
 
 
111 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  38.96 
 
 
111 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.96 
 
 
111 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  60 
 
 
144 aa  53.9  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  32.43 
 
 
148 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  58.82 
 
 
148 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 
146 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  31.78 
 
 
147 aa  51.6  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.97 
 
 
145 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 
115 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
130 aa  50.4  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  32.73 
 
 
149 aa  50.4  0.000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.28 
 
 
148 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.96 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.88 
 
 
145 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  52.94 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.67 
 
 
139 aa  49.3  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  52.94 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.49 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  58.06 
 
 
182 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  52.94 
 
 
136 aa  48.5  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  54.29 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.5 
 
 
155 aa  48.5  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 
147 aa  48.9  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  54.29 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  42.55 
 
 
148 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  55.88 
 
 
145 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
278 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  58.06 
 
 
152 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  29.13 
 
 
146 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  54.29 
 
 
145 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.94 
 
 
154 aa  47.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  54.84 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
118 aa  47.8  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  47.22 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  48.94 
 
 
154 aa  47.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  60 
 
 
141 aa  47.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  52.94 
 
 
156 aa  47.8  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  47.22 
 
 
151 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.01 
 
 
110 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  50 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  50 
 
 
151 aa  47  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.85 
 
 
146 aa  47  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
143 aa  47  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  37.74 
 
 
146 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.84 
 
 
147 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0835  hypothetical protein  37.74 
 
 
146 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111035 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
140 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.73 
 
 
137 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
207 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
164 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  51.43 
 
 
147 aa  47  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.84 
 
 
147 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
223 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
218 aa  46.2  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.67 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
118 aa  46.2  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  50 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  50 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  40.82 
 
 
151 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
165 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
150 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
147 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
147 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
147 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>