More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1007 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
130 aa  258  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  70.77 
 
 
130 aa  186  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 
130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.86 
 
 
130 aa  131  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
130 aa  130  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.56 
 
 
114 aa  75.9  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.72 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  35.71 
 
 
120 aa  67.4  0.00000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  34.52 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  33.33 
 
 
120 aa  65.1  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  39.76 
 
 
127 aa  65.1  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  30.25 
 
 
119 aa  64.3  0.0000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.08 
 
 
218 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 
118 aa  62  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  37.84 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
114 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  33.33 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  30.43 
 
 
125 aa  60.5  0.000000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.8 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  30.08 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.33 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  35.71 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  31.3 
 
 
154 aa  57.4  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.3 
 
 
154 aa  57.4  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.11 
 
 
147 aa  57.4  0.00000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.33 
 
 
120 aa  57  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
429 aa  57  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.43 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
144 aa  56.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.93 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.65 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.77 
 
 
131 aa  55.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  34.21 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.64 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.59 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
146 aa  55.1  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  25.93 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.05 
 
 
212 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.59 
 
 
138 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.06 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.06 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
115 aa  53.9  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.38 
 
 
119 aa  53.9  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  35.96 
 
 
105 aa  53.5  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  31.43 
 
 
143 aa  52.8  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  36.59 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.89 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  29.06 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.45 
 
 
222 aa  52.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.6 
 
 
212 aa  53.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.06 
 
 
146 aa  52.8  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.93 
 
 
138 aa  52  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.93 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.99 
 
 
132 aa  52  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  38.55 
 
 
105 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  36.59 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.71 
 
 
216 aa  52.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  35.14 
 
 
283 aa  52.4  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
145 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.35 
 
 
121 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.62 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.93 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.52 
 
 
155 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  28.12 
 
 
152 aa  51.6  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.21 
 
 
234 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.71 
 
 
132 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.29 
 
 
138 aa  52  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
124 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
145 aa  51.6  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.37 
 
 
139 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.65 
 
 
142 aa  51.6  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  29.91 
 
 
147 aa  51.6  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
278 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.73 
 
 
139 aa  51.2  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.35 
 
 
105 aa  51.6  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.89 
 
 
120 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.65 
 
 
231 aa  51.6  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0715  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000696876  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.41 
 
 
114 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  30 
 
 
122 aa  51.2  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  31.82 
 
 
126 aa  50.8  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.76 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.66 
 
 
527 aa  51.2  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.35 
 
 
144 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.86 
 
 
144 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
122 aa  50.8  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.35 
 
 
144 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
119 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
106 aa  50.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.26 
 
 
121 aa  50.4  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.45 
 
 
140 aa  50.4  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
132 aa  50.1  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  29.2 
 
 
145 aa  50.4  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.14 
 
 
138 aa  50.1  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>