More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3054 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  100 
 
 
283 aa  530  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  56.25 
 
 
153 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.9 
 
 
275 aa  158  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.17 
 
 
150 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.94 
 
 
150 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  53.44 
 
 
236 aa  136  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.47 
 
 
136 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.79 
 
 
157 aa  125  6e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.12 
 
 
159 aa  124  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.91 
 
 
133 aa  122  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.52 
 
 
155 aa  112  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.38 
 
 
139 aa  112  7.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  51.38 
 
 
139 aa  112  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.55 
 
 
132 aa  90.9  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.44 
 
 
132 aa  90.5  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.26 
 
 
207 aa  78.2  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.57 
 
 
297 aa  76.3  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.7 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  49.23 
 
 
118 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  37.62 
 
 
118 aa  69.7  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.17 
 
 
121 aa  69.3  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2398  accumulation associated protein  44.66 
 
 
2397 aa  68.9  0.00000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.53067  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.21 
 
 
429 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.76 
 
 
121 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  40.19 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.88 
 
 
450 aa  66.6  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  40.37 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.76 
 
 
118 aa  66.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0451  hypothetical protein  29.91 
 
 
682 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.935118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.54 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.06 
 
 
231 aa  66.2  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  46.38 
 
 
228 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.61 
 
 
140 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 
144 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  45.33 
 
 
134 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.62 
 
 
118 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
120 aa  64.3  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 
257 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  44.74 
 
 
134 aa  63.9  0.000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.84 
 
 
139 aa  63.9  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.27 
 
 
223 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.25 
 
 
130 aa  63.9  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
120 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  46.67 
 
 
146 aa  63.2  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.67 
 
 
120 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
120 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.67 
 
 
120 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.25 
 
 
251 aa  63.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 
126 aa  63.2  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.57 
 
 
229 aa  63.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.33 
 
 
139 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 
281 aa  62.4  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
143 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.42 
 
 
118 aa  62  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  44 
 
 
138 aa  62  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.33 
 
 
139 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  50.72 
 
 
154 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.13 
 
 
218 aa  61.6  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.72 
 
 
154 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 
121 aa  62  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.19 
 
 
124 aa  61.6  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 
165 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.28 
 
 
120 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  39 
 
 
212 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  43.48 
 
 
139 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.03 
 
 
228 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
139 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 
164 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.94 
 
 
140 aa  61.6  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.78 
 
 
207 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.78 
 
 
120 aa  61.2  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.33 
 
 
139 aa  60.8  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.59 
 
 
138 aa  60.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
134 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
138 aa  60.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
146 aa  60.8  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  47.54 
 
 
138 aa  60.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 
118 aa  60.1  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
138 aa  60.1  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
151 aa  60.1  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.42 
 
 
216 aa  60.1  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
108 aa  60.1  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 
118 aa  60.1  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.81 
 
 
150 aa  60.1  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.77 
 
 
144 aa  59.7  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.28 
 
 
278 aa  59.7  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 
139 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
139 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
158 aa  59.7  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
121 aa  59.7  0.00000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.03 
 
 
223 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  40 
 
 
110 aa  59.3  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
144 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.03 
 
 
223 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 
144 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  44.26 
 
 
130 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  37.14 
 
 
117 aa  59.3  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.59 
 
 
138 aa  59.3  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  32.85 
 
 
1065 aa  58.9  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.12 
 
 
258 aa  58.9  0.00000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>