More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cfla_1603 on replicon NC_014151
Organism: Cellulomonas flavigena DSM 20109



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
150 aa  295  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  78.12 
 
 
153 aa  200  5e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  72.66 
 
 
157 aa  183  6e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  65.65 
 
 
150 aa  170  5.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.56 
 
 
275 aa  169  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.78 
 
 
136 aa  149  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.91 
 
 
159 aa  148  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  56.92 
 
 
283 aa  149  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  50 
 
 
236 aa  131  3e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.2 
 
 
527 aa  120  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.17 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.83 
 
 
155 aa  100  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.55 
 
 
139 aa  100  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  46.55 
 
 
139 aa  100  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.16 
 
 
132 aa  93.6  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.16 
 
 
132 aa  93.2  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.24 
 
 
121 aa  77.8  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.24 
 
 
121 aa  77.4  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
126 aa  68.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.11 
 
 
132 aa  67.4  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  38.32 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  39.25 
 
 
134 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  40 
 
 
118 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  36.28 
 
 
118 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
118 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.97 
 
 
118 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.37 
 
 
118 aa  63.5  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.89 
 
 
124 aa  63.5  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.93 
 
 
120 aa  63.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
207 aa  63.5  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.42 
 
 
176 aa  62  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.67 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.67 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  42.67 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
140 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.67 
 
 
120 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  33.33 
 
 
154 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.36 
 
 
121 aa  60.8  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
154 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.02 
 
 
118 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  31.3 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.56 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  33.33 
 
 
148 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.38 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.31 
 
 
150 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  36 
 
 
129 aa  57.4  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.77 
 
 
251 aa  57  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  32.56 
 
 
148 aa  56.2  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  50 
 
 
122 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  40.62 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.62 
 
 
243 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.62 
 
 
243 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 
116 aa  56.2  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.68 
 
 
243 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.37 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.96 
 
 
122 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  25.81 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  39.06 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.58 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.68 
 
 
104 aa  55.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.33 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.06 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.99 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 
114 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.79 
 
 
149 aa  55.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  41.33 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
243 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.04 
 
 
123 aa  55.5  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
206 aa  55.1  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.99 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.39 
 
 
216 aa  54.7  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.68 
 
 
253 aa  54.7  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  36.54 
 
 
110 aa  55.1  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.5 
 
 
243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
243 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.96 
 
 
139 aa  54.7  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  37.5 
 
 
243 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.02 
 
 
258 aa  54.3  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
120 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.62 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
243 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  33.88 
 
 
143 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  42.03 
 
 
143 aa  53.9  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
146 aa  53.9  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
120 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  43.1 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.75 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.62 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>