More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3190 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
159 aa  316  7.999999999999999e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.69 
 
 
150 aa  151  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.04 
 
 
275 aa  149  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  57.81 
 
 
153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.25 
 
 
150 aa  134  7.000000000000001e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.13 
 
 
157 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  50 
 
 
283 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  47.22 
 
 
236 aa  122  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.89 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.09 
 
 
136 aa  115  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.82 
 
 
527 aa  115  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.41 
 
 
155 aa  99  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.59 
 
 
139 aa  91.7  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.59 
 
 
139 aa  91.7  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 
132 aa  86.7  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.84 
 
 
132 aa  85.5  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
121 aa  74.7  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
121 aa  70.9  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
124 aa  66.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  33 
 
 
118 aa  64.7  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
228 aa  62.8  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
118 aa  60.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.27 
 
 
118 aa  60.8  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  33.68 
 
 
118 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
118 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.14 
 
 
120 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.88 
 
 
154 aa  59.3  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  30.88 
 
 
154 aa  59.3  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  35.78 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.94 
 
 
218 aa  58.2  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.66 
 
 
120 aa  57.4  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.67 
 
 
120 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.67 
 
 
120 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.67 
 
 
120 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.43 
 
 
121 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.89 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.11 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  31.08 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.67 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  31.08 
 
 
120 aa  55.5  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
132 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
140 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  31.08 
 
 
120 aa  55.8  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.16 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
123 aa  55.1  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  34.67 
 
 
134 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  32.11 
 
 
122 aa  54.7  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1154  DnaK suppressor protein-like protein  45.28 
 
 
122 aa  54.7  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0136974  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1373  dnaK suppressor protein, putative  45.28 
 
 
123 aa  54.3  0.0000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000567795  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.43 
 
 
140 aa  54.3  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.65 
 
 
110 aa  54.3  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.84 
 
 
138 aa  54.3  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.52 
 
 
120 aa  54.3  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.79 
 
 
143 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.25 
 
 
120 aa  53.9  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.56 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 
145 aa  53.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  33.33 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  27.03 
 
 
148 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.78 
 
 
150 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.71 
 
 
129 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.88 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.51 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  29.2 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.77 
 
 
126 aa  52.4  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.49 
 
 
207 aa  52.8  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  49.02 
 
 
152 aa  52  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
144 aa  52.4  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  25.23 
 
 
148 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  37.14 
 
 
110 aa  52  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  28.33 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  32.63 
 
 
138 aa  52  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.12 
 
 
147 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  28.33 
 
 
151 aa  52  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  27.1 
 
 
152 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.94 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.21 
 
 
231 aa  51.6  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.03 
 
 
147 aa  51.6  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  27.5 
 
 
151 aa  51.6  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  27.5 
 
 
151 aa  51.6  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
256 aa  51.6  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.81 
 
 
122 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.05 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  27.5 
 
 
182 aa  51.6  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  30.94 
 
 
129 aa  51.2  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.76 
 
 
141 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.49 
 
 
133 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.81 
 
 
122 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
139 aa  51.2  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  39.66 
 
 
130 aa  50.8  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  28.32 
 
 
143 aa  50.8  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
234 aa  50.8  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.98 
 
 
138 aa  50.8  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.04 
 
 
120 aa  50.8  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  27.5 
 
 
151 aa  50.8  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.68 
 
 
139 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.97 
 
 
151 aa  50.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>