More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4002 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
155 aa  307  2.9999999999999997e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.52 
 
 
139 aa  166  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  64.23 
 
 
139 aa  165  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.9 
 
 
132 aa  113  7.999999999999999e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.9 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48.25 
 
 
283 aa  107  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.9 
 
 
275 aa  105  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.97 
 
 
150 aa  104  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  44.3 
 
 
153 aa  102  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.02 
 
 
150 aa  98.2  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.41 
 
 
159 aa  97.4  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.75 
 
 
136 aa  94.7  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.22 
 
 
527 aa  94.7  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.5 
 
 
157 aa  93.2  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.9 
 
 
133 aa  92  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  40.44 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.35 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 
121 aa  74.7  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.25 
 
 
118 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.14 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.58 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  33.58 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
126 aa  67.4  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
111 aa  67  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  46.15 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 
144 aa  66.2  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  41 
 
 
110 aa  65.1  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  48.53 
 
 
143 aa  64.3  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
122 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  46.97 
 
 
143 aa  64.3  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  46.97 
 
 
143 aa  63.9  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
222 aa  64.3  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.18 
 
 
207 aa  63.9  0.0000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.25 
 
 
231 aa  63.5  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  37.39 
 
 
118 aa  63.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.97 
 
 
145 aa  63.2  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  34.96 
 
 
147 aa  63.5  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.71 
 
 
218 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.43 
 
 
120 aa  63.5  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.94 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 
176 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  35.77 
 
 
182 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  35.77 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.31 
 
 
118 aa  62.8  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.94 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  35.77 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.65 
 
 
146 aa  62.8  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  34.96 
 
 
149 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  33.9 
 
 
152 aa  61.6  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  31.65 
 
 
146 aa  62  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.88 
 
 
251 aa  62.4  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.95 
 
 
149 aa  61.6  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  32.99 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.6  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.42 
 
 
147 aa  61.6  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  44.12 
 
 
136 aa  61.2  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
151 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.79 
 
 
140 aa  61.2  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  30.36 
 
 
117 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.19 
 
 
118 aa  61.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  44.12 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  39.77 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  33.91 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  43.94 
 
 
145 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.65 
 
 
141 aa  60.8  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  31.3 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.66 
 
 
144 aa  60.5  0.000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.42 
 
 
148 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  42.65 
 
 
148 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58 
 
 
119 aa  60.5  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.86 
 
 
212 aa  60.5  0.000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  42.65 
 
 
148 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
114 aa  60.5  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  38.3 
 
 
151 aa  59.7  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  37.93 
 
 
148 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.2 
 
 
253 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.45 
 
 
145 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  50 
 
 
152 aa  60.1  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.62 
 
 
120 aa  60.1  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
216 aa  59.3  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.3 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>