More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1418 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
133 aa  267  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.72 
 
 
136 aa  141  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  55.56 
 
 
153 aa  135  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.68 
 
 
150 aa  131  3e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.59 
 
 
275 aa  127  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  52.85 
 
 
283 aa  121  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.24 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.27 
 
 
527 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.21 
 
 
157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  47.24 
 
 
236 aa  108  3e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.17 
 
 
150 aa  107  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 
139 aa  103  8e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48 
 
 
139 aa  103  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.9 
 
 
155 aa  92  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.38 
 
 
132 aa  87  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.38 
 
 
132 aa  86.7  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.66 
 
 
121 aa  86.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.73 
 
 
121 aa  84.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
126 aa  72.8  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
212 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.9 
 
 
206 aa  67  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
231 aa  67  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.82 
 
 
228 aa  64.3  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  40 
 
 
118 aa  64.3  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  36.22 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.22 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.76 
 
 
207 aa  63.9  0.0000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.28 
 
 
117 aa  63.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.14 
 
 
297 aa  62.8  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.23 
 
 
138 aa  60.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.75 
 
 
140 aa  60.5  0.000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.43 
 
 
258 aa  60.5  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.09 
 
 
121 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.75 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
150 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.48 
 
 
140 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.11 
 
 
234 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35.29 
 
 
122 aa  57.8  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.09 
 
 
212 aa  58.2  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.34 
 
 
146 aa  58.2  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.18 
 
 
205 aa  57.8  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.69 
 
 
257 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  38.68 
 
 
110 aa  57.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.23 
 
 
223 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 
164 aa  57.4  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
144 aa  57.4  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 
165 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.47 
 
 
121 aa  57  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  46.27 
 
 
139 aa  57  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.78 
 
 
223 aa  57  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.78 
 
 
223 aa  57  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  38.67 
 
 
118 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.33 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.65 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.33 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.42 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.04 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.42 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  46.27 
 
 
228 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 
281 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.75 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.69 
 
 
207 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
251 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.4 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.79 
 
 
139 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.3 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  47.62 
 
 
146 aa  55.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  31.36 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  34.78 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
146 aa  55.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.79 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.3 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.7 
 
 
104 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  37.33 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.19 
 
 
253 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.82 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.82 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  30.3 
 
 
141 aa  54.7  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.19 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.44 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.7 
 
 
118 aa  54.7  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.35 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.97 
 
 
124 aa  54.3  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 
229 aa  54.3  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  36.19 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  36.19 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  36.19 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.62 
 
 
450 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  36.19 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  36.19 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>