More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_2904 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
117 aa  240  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
126 aa  89.4  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.07 
 
 
149 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.07 
 
 
243 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.07 
 
 
243 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
121 aa  77.8  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.6 
 
 
121 aa  77  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  36.84 
 
 
243 aa  74.7  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.54 
 
 
243 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
243 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  34.96 
 
 
243 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
228 aa  73.6  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.38 
 
 
144 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.51 
 
 
145 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.09 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  34.45 
 
 
243 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  34.71 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.38 
 
 
144 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  34.45 
 
 
243 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
144 aa  72  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  34.45 
 
 
243 aa  72  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.93 
 
 
144 aa  72  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.32 
 
 
253 aa  71.2  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
234 aa  70.9  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.38 
 
 
205 aa  70.9  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  30.58 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.97 
 
 
269 aa  69.7  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.75 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
146 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.83 
 
 
207 aa  67.4  0.00000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
147 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
138 aa  66.6  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  35.9 
 
 
259 aa  65.5  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  38.14 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.48 
 
 
176 aa  63.9  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  35.09 
 
 
138 aa  63.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.09 
 
 
138 aa  63.5  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.28 
 
 
133 aa  63.5  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
139 aa  62.8  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.96 
 
 
139 aa  62.8  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.07 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.43 
 
 
212 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  39.09 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.4 
 
 
251 aa  62.8  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.54 
 
 
231 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
136 aa  62  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.86 
 
 
297 aa  61.6  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.63 
 
 
128 aa  61.6  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  40 
 
 
126 aa  60.8  0.000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
212 aa  60.5  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  37.23 
 
 
128 aa  60.1  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 
115 aa  59.7  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.91 
 
 
126 aa  59.3  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 
126 aa  58.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.72 
 
 
222 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.51 
 
 
127 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.19 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.19 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
157 aa  57.8  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.25 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.96 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
141 aa  57.4  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
139 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.51 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  33.04 
 
 
110 aa  57.4  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.03 
 
 
210 aa  57.4  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.91 
 
 
138 aa  57  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.76 
 
 
132 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.28 
 
 
127 aa  56.6  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  33.04 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 
108 aa  56.6  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  55.1 
 
 
138 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.62 
 
 
229 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30 
 
 
283 aa  56.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
155 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.66 
 
 
158 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.38 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.63 
 
 
137 aa  55.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
223 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  55.1 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.44 
 
 
144 aa  56.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.1 
 
 
138 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.49 
 
 
106 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  31.58 
 
 
139 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.1 
 
 
138 aa  55.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
158 aa  55.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.45 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
165 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 
139 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  33.62 
 
 
228 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.06 
 
 
138 aa  55.1  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  35.96 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.96 
 
 
130 aa  55.1  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.1 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.1 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
140 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>