More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0382 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
104 aa  199  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.86 
 
 
114 aa  81.3  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.3 
 
 
105 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  43.3 
 
 
105 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  43.88 
 
 
129 aa  69.3  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  38.38 
 
 
105 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.56 
 
 
114 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  38.3 
 
 
104 aa  67  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  40 
 
 
105 aa  65.5  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.24 
 
 
105 aa  65.5  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.38 
 
 
121 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  39 
 
 
106 aa  65.1  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.08 
 
 
109 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  41 
 
 
154 aa  62  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
106 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.48 
 
 
106 aa  62.4  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41 
 
 
154 aa  62  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  43.43 
 
 
108 aa  61.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.21 
 
 
119 aa  60.5  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  36.89 
 
 
141 aa  60.1  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
141 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.77 
 
 
103 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.21 
 
 
155 aa  58.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
146 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.63 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  39.6 
 
 
153 aa  57.4  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 
143 aa  57.4  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.83 
 
 
120 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.78 
 
 
119 aa  57  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.65 
 
 
103 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.78 
 
 
139 aa  56.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.48 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.08 
 
 
103 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.82 
 
 
122 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
116 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.71 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  31.13 
 
 
125 aa  55.5  0.0000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.71 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.71 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  42.62 
 
 
92 aa  55.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.14 
 
 
127 aa  55.1  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220382  normal  0.38393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.35 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.7 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.98 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  49.02 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.35 
 
 
151 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.38 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.29 
 
 
150 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.08 
 
 
257 aa  54.7  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
147 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.63 
 
 
121 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.19 
 
 
251 aa  53.9  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.35 
 
 
115 aa  53.9  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
527 aa  53.9  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.48 
 
 
139 aa  53.9  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 
118 aa  53.9  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
139 aa  53.5  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
144 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.08 
 
 
213 aa  53.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.23 
 
 
150 aa  53.5  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.07 
 
 
138 aa  53.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.6 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.01 
 
 
110 aa  52.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  52.17 
 
 
145 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 
144 aa  52.4  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.24 
 
 
129 aa  52  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.27 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.46 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.79 
 
 
150 aa  52.4  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.9 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  36.54 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  53.33 
 
 
92 aa  52  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.17 
 
 
148 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  35.51 
 
 
143 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  50 
 
 
145 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
132 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1430  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.33 
 
 
106 aa  52  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.91 
 
 
144 aa  52  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  50 
 
 
148 aa  51.6  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.39 
 
 
283 aa  52  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  50 
 
 
148 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.7 
 
 
108 aa  51.6  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  50 
 
 
148 aa  51.2  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
148 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.27 
 
 
120 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.96 
 
 
123 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
147 aa  51.2  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  35.96 
 
 
119 aa  51.2  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  52.17 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.09 
 
 
109 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  52.17 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 
155 aa  51.2  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  50 
 
 
152 aa  50.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  52.17 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>