184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1477 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
105 aa  214  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  91.43 
 
 
105 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  90.48 
 
 
105 aa  194  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  44.23 
 
 
105 aa  88.6  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  44.66 
 
 
105 aa  86.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.27 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.92 
 
 
114 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  39.36 
 
 
104 aa  72.4  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.25 
 
 
114 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.24 
 
 
104 aa  65.5  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.61 
 
 
106 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  36.19 
 
 
108 aa  61.6  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
103 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
102 aa  53.9  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
109 aa  52.8  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 
216 aa  53.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  57.14 
 
 
117 aa  53.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.85 
 
 
144 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.85 
 
 
144 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.08 
 
 
119 aa  51.6  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.98 
 
 
118 aa  52  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
107 aa  51.2  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.7 
 
 
109 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
144 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.31 
 
 
121 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.91 
 
 
121 aa  50.1  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  34.91 
 
 
110 aa  50.4  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
176 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  40.35 
 
 
127 aa  49.3  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.29 
 
 
116 aa  49.3  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.82 
 
 
129 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  30.77 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 
117 aa  48.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
113 aa  47.8  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.94 
 
 
130 aa  47.4  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.52 
 
 
144 aa  47.4  0.00006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.14 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  32 
 
 
122 aa  47  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  44.44 
 
 
129 aa  47  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.54 
 
 
275 aa  47  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
206 aa  46.2  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.69 
 
 
257 aa  46.2  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.43 
 
 
118 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
147 aa  45.4  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
231 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1430  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.86 
 
 
106 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 
122 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
122 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
122 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0744  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.43 
 
 
112 aa  45.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.186685  normal  0.0218217 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 
150 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.12 
 
 
205 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.86 
 
 
283 aa  45.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.78 
 
 
121 aa  45.4  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.84 
 
 
120 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.84 
 
 
116 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  40.38 
 
 
92 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  44.19 
 
 
141 aa  45.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.84 
 
 
154 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  48.84 
 
 
154 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.78 
 
 
143 aa  45.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 
142 aa  45.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.49 
 
 
110 aa  44.7  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
114 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 
141 aa  44.7  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
139 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  33.64 
 
 
153 aa  43.9  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.66 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  41.3 
 
 
130 aa  43.9  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  46.51 
 
 
111 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.9 
 
 
118 aa  43.9  0.0008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
147 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.43 
 
 
103 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
103 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.48 
 
 
141 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.08 
 
 
146 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 
118 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  36.76 
 
 
152 aa  42.7  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
155 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
111 aa  43.5  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  41.86 
 
 
151 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 
121 aa  43.5  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.84 
 
 
120 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.7 
 
 
133 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.5 
 
 
121 aa  43.5  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
131 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.53 
 
 
228 aa  43.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.92 
 
 
210 aa  43.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  28.26 
 
 
137 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
132 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
139 aa  42  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
147 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
140 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 
147 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.43 
 
 
222 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
120 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.55 
 
 
110 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.67 
 
 
269 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>