260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2439 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 115 aa  235  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.26 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3640  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 		 115 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3572  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.131957  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3488  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 115 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3132  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  37.76 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.51 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.76 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.76 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 117 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0676  hypothetical protein  32.23 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  30.1 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  33.64 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  54.35 
 
 		 283 aa  57.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  35.71 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  32.08 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  28.04 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  36.73 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.73 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  35.71 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.36 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  50 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  40.91 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.69 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.33 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  42.19 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  41.94 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  31.58 
 
 		 243 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 243 aa  52.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  42.86 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  31.71 
 
 		 243 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  30.59 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  31.58 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  31.58 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  34.43 
 
 		 243 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  31.58 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 143 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  31.71 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  31.58 
 
 		 243 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 146 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 141 aa  51.6  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 257 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  26.32 
 
 		 134 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 134 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.55 
 
 		 223 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.55 
 
 		 223 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2543  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 		 109 aa  50.8  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.390587  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  36.36 
 
 		 138 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 138 aa  51.2  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.84 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 139 aa  50.8  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.5 
 
 		 126 aa  50.8  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 297 aa  50.8  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 140 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  47.17 
 
 		 139 aa  50.4  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  32.84 
 
 		 120 aa  50.4  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  33.33 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  32.84 
 
 		 120 aa  50.4  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 155 aa  50.4  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 158 aa  50.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  30.97 
 
 		 139 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  31.34 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.41 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  26.32 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  48.78 
 
 		 228 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  37.88 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.16 
 
 		 207 aa  49.7  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 123 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  27.47 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 164 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 450 aa  48.9  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 165 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 		 275 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  29.91 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>