More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1171 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
116 aa  234  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  60 
 
 
119 aa  135  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.04 
 
 
118 aa  119  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.91 
 
 
118 aa  117  7e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  50 
 
 
117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.57 
 
 
122 aa  112  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  46.55 
 
 
118 aa  98.6  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  43.97 
 
 
120 aa  98.2  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  43.97 
 
 
120 aa  98.2  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  43.1 
 
 
120 aa  97.4  6e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.91 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.74 
 
 
149 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.09 
 
 
144 aa  69.7  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  31.86 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.82 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.57 
 
 
124 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  29.82 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  33.94 
 
 
118 aa  67.8  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.09 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  33.04 
 
 
134 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.09 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.4 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.4 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  29.06 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.4 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.51 
 
 
120 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  31.3 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  29.91 
 
 
228 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.86 
 
 
140 aa  63.9  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.21 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.21 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.21 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.21 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.21 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 
229 aa  63.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  29.09 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.32 
 
 
150 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.06 
 
 
162 aa  63.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.82 
 
 
118 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.82 
 
 
118 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  28.07 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  31.73 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
131 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  34.29 
 
 
122 aa  61.2  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
147 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.18 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
257 aa  60.8  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  32.2 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.41 
 
 
143 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.18 
 
 
162 aa  60.8  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  32.95 
 
 
105 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.7 
 
 
117 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.21 
 
 
142 aa  60.5  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.7 
 
 
118 aa  60.5  0.000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.09 
 
 
144 aa  60.5  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.28 
 
 
120 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
155 aa  60.1  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  30.7 
 
 
151 aa  59.7  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  31.58 
 
 
151 aa  59.7  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.41 
 
 
144 aa  59.7  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.18 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.36 
 
 
120 aa  59.7  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  30.7 
 
 
151 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.95 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  31.58 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  30 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  30.7 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  31.58 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  31.58 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.96 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  31.58 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.27 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.27 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  31.58 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.83 
 
 
223 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.83 
 
 
223 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.57 
 
 
147 aa  58.2  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.7 
 
 
151 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  30.7 
 
 
151 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  30.7 
 
 
151 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  30.7 
 
 
151 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  30.7 
 
 
151 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>