260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2047 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
149 aa  305  9e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 
145 aa  149  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.65 
 
 
144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.65 
 
 
144 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.76 
 
 
144 aa  144  5e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.76 
 
 
144 aa  144  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.25 
 
 
146 aa  140  6e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.81 
 
 
147 aa  140  7e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  45.45 
 
 
126 aa  110  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  44.35 
 
 
126 aa  108  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.35 
 
 
348 aa  103  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 
128 aa  101  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  43.44 
 
 
259 aa  99.8  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 
127 aa  99.4  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.88 
 
 
126 aa  97.1  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  43.48 
 
 
128 aa  92.4  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.31 
 
 
297 aa  90.5  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.96 
 
 
127 aa  89.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  36.97 
 
 
128 aa  84  7e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
117 aa  81.3  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  33.62 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.87 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.08 
 
 
207 aa  69.7  0.00000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.96 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.96 
 
 
243 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.04 
 
 
243 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.04 
 
 
243 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.04 
 
 
243 aa  67  0.00000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  37.04 
 
 
243 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  37.04 
 
 
243 aa  67  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.04 
 
 
243 aa  67  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  37.04 
 
 
243 aa  67  0.00000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.25 
 
 
253 aa  65.5  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.3 
 
 
118 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
243 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.05 
 
 
251 aa  63.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
269 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.54 
 
 
142 aa  60.8  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.3 
 
 
157 aa  60.1  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
126 aa  60.1  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
149 aa  60.1  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.77 
 
 
206 aa  59.7  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  33.61 
 
 
133 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.9 
 
 
118 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  33.61 
 
 
136 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  33.61 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.95 
 
 
234 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.61 
 
 
137 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  30.33 
 
 
158 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.95 
 
 
216 aa  58.2  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.66 
 
 
212 aa  58.2  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 
158 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  32.79 
 
 
157 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 
158 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.43 
 
 
118 aa  57.8  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.5 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.78 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.65 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.6 
 
 
153 aa  56.2  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.79 
 
 
142 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  34.43 
 
 
138 aa  56.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.63 
 
 
159 aa  55.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.06 
 
 
138 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  29.92 
 
 
153 aa  56.2  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.94 
 
 
143 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  53.06 
 
 
146 aa  55.1  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.19 
 
 
158 aa  55.5  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
152 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.36 
 
 
115 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.97 
 
 
138 aa  55.1  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
147 aa  55.5  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 
155 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.05 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.82 
 
 
144 aa  55.1  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.06 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26 
 
 
228 aa  54.7  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.93 
 
 
122 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.83 
 
 
150 aa  55.1  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  29.46 
 
 
138 aa  54.7  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.06 
 
 
138 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.16 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.16 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.23 
 
 
124 aa  54.3  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 
158 aa  53.9  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
136 aa  53.9  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.23 
 
 
142 aa  53.9  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  28.57 
 
 
283 aa  53.9  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.95 
 
 
275 aa  53.9  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.02 
 
 
139 aa  53.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
147 aa  53.5  0.0000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
143 aa  53.5  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  27.97 
 
 
146 aa  52.8  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.79 
 
 
134 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.71 
 
 
139 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.97 
 
 
146 aa  53.5  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>