176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4453 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  249  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  56.41 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  45 
 
 		 122 aa  92.8  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  41 
 
 		 130 aa  62  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  56.9 
 
 		 61 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.66 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.66 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 117 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  49.02 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.62 
 
 		 269 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  24.14 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.06 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 116 aa  51.2  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  43.14 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  29.46 
 
 		 243 aa  50.8  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  29.46 
 
 		 243 aa  50.8  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  29.46 
 
 		 243 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  29.46 
 
 		 243 aa  50.8  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 131 aa  50.4  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 257 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  44.9 
 
 		 132 aa  50.1  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.47 
 
 		 126 aa  50.1  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 		 213 aa  50.4  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  31.67 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  35.06 
 
 		 236 aa  50.1  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.51 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 115 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  28.57 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  27.68 
 
 		 243 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  28.32 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 256 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  28.57 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  26.92 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  26.92 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  32.53 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  28.57 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  26.92 
 
 		 120 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.38 
 
 		 253 aa  47.8  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 243 aa  47.8  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.24 
 
 		 218 aa  47.4  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.66 
 
 		 120 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 		 210 aa  47.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.68 
 
 		 121 aa  47.4  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  39.62 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.51 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 124 aa  46.2  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.32 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.71 
 
 		 176 aa  46.6  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4875  hypothetical protein  42.22 
 
 		 127 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  25 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  33.77 
 
 		 119 aa  46.2  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 251 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.69 
 
 		 275 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 144 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.46 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 144 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  33.33 
 
 		 119 aa  46.2  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.73 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 206 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.46 
 
 		 103 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 144 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 122 aa  43.9  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  36.51 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  36 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1511  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.155878 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.89 
 
 		 159 aa  43.9  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>