68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4228 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  100 
 
 		 85 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  89.87 
 
 		 88 aa  143  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  77.22 
 
 		 88 aa  128  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  65.82 
 
 		 88 aa  114  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  62.03 
 
 		 88 aa  107  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  62.03 
 
 		 88 aa  107  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  64.56 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  60.76 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  62.03 
 
 		 88 aa  103  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  64.56 
 
 		 88 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  60.76 
 
 		 88 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  60.76 
 
 		 88 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  60.76 
 
 		 88 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  65.82 
 
 		 88 aa  98.2  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  62.03 
 
 		 88 aa  97.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  60 
 
 		 88 aa  97.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  62.03 
 
 		 88 aa  97.1  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  59.49 
 
 		 88 aa  97.1  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  59.49 
 
 		 88 aa  97.1  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  58.75 
 
 		 88 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  53.16 
 
 		 88 aa  95.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  58.23 
 
 		 88 aa  95.1  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  51.9 
 
 		 88 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  56.96 
 
 		 88 aa  94  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  56.96 
 
 		 88 aa  93.6  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  53.16 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.16 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  53.16 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  53.16 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  53.16 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  58.23 
 
 		 88 aa  92.4  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  51.9 
 
 		 88 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  51.28 
 
 		 88 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  58.23 
 
 		 88 aa  90.9  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  56.96 
 
 		 88 aa  90.5  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1480  hypothetical protein  56.96 
 
 		 88 aa  90.1  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  54.43 
 
 		 87 aa  85.5  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  53.16 
 
 		 88 aa  84.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  51.9 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  50.63 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  48.75 
 
 		 89 aa  77.8  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  47.56 
 
 		 91 aa  73.9  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  46.67 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0847  hypothetical protein  43.75 
 
 		 89 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.92 
 
 		 74 aa  53.5  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.02 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 68 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 68 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  42.59 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 		 74 aa  49.7  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.67 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  37.04 
 
 		 75 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  37.04 
 
 		 75 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  38.18 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  42 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  42 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  34.29 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.112196 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  54.84 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.89 
 
 		 79 aa  40.8  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>