84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1463 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 68 aa  135  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  97.06 
 
 		 68 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  75.68 
 
 		 88 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  71.05 
 
 		 88 aa  61.2  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  58.82 
 
 		 88 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  58.82 
 
 		 88 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  58.82 
 
 		 88 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  58.82 
 
 		 88 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  47.76 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.112196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  56.86 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  51.92 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.9 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  52.94 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  54.9 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1959  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.48 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  55.77 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  55.77 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 79 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  57.14 
 
 		 88 aa  52.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  51.92 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  65.79 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3183  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.48 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.775887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  53.85 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  59.46 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  48.08 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  48.08 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  51.92 
 
 		 85 aa  51.6  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  54.17 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  65.79 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.28 
 
 		 74 aa  51.6  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 67 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  42.19 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  50 
 
 		 88 aa  50.4  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.14 
 
 		 79 aa  50.1  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  51.92 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.79 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  48.08 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.33 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  51.92 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  69.7 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  51.02 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.28 
 
 		 74 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00494  hypothetical protein  43.94 
 
 		 72 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00488  conserved hypothetical protein  43.94 
 
 		 72 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.85 
 
 		 150 aa  47.4  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  50 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  47.73 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  49.02 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  40.3 
 
 		 66 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  41.79 
 
 		 66 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0951  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.748618  normal  0.388424 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1048  hypothetical protein  39.71 
 
 		 69 aa  46.2  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2881  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000120273  normal  0.0538694 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  56.76 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  43.94 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0801  phage/conjugal plasmid C-4 type zinc finger protein  44.44 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.500339  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  40.3 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1480  hypothetical protein  48.65 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0847  hypothetical protein  41.67 
 
 		 89 aa  42  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 527 aa  42  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 75 aa  42  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 139 aa  42  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  61.29 
 
 		 139 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.59 
 
 		 69 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  39.39 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.35 
 
 		 73 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.67 
 
 		 144 aa  40.4  0.009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  37.88 
 
 		 75 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  38.89 
 
 		 153 aa  40  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  37.88 
 
 		 75 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>