68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3162 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 74 aa  152  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 73 aa  84.3  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.17 
 
 		 74 aa  80.5  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  54.79 
 
 		 75 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  54.79 
 
 		 75 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.05 
 
 		 75 aa  79.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 75 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 75 aa  77.8  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.05 
 
 		 74 aa  72.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 73 aa  71.2  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4313  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.93 
 
 		 74 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.927484  hitchhiker  0.00014767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0986  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  54.93 
 
 		 74 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.31763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3060  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  53.52 
 
 		 74 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0123467  decreased coverage  0.000000000163909 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 68 aa  61.2  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  48.44 
 
 		 88 aa  59.7  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  51.92 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  44.44 
 
 		 88 aa  51.6  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  43.55 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  37.33 
 
 		 75 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  51.22 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  45 
 
 		 87 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.14 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  40.91 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  43.94 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  43.94 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  40.91 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  42.65 
 
 		 88 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  41.94 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  45.45 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 68 aa  47.8  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 		 69 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  39.06 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3037  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.73 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0965532  normal  0.257312 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  42.42 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00494  hypothetical protein  37.14 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  44.07 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  70 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00488  conserved hypothetical protein  37.14 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  37.5 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 79 aa  45.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  41.67 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  40.28 
 
 		 72 aa  44.3  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  39.39 
 
 		 88 aa  44.7  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  43.64 
 
 		 88 aa  43.5  0.0009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  40.62 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1036  probable rRNA transcription initiatior protein,putative phage gene  33.33 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  38.24 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  41.82 
 
 		 88 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  40.68 
 
 		 88 aa  40  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>