72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2397 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  100 
 
 		 88 aa  180  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  67.05 
 
 		 88 aa  126  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  60.23 
 
 		 88 aa  124  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  61.36 
 
 		 88 aa  122  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  60.23 
 
 		 88 aa  115  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  62.5 
 
 		 88 aa  114  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  59.09 
 
 		 88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  56.82 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  56.82 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  60.23 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  110  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  60.23 
 
 		 88 aa  110  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  61.36 
 
 		 88 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  64.77 
 
 		 87 aa  110  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  56.82 
 
 		 88 aa  110  8.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1480  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  60.23 
 
 		 88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  107  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  57.95 
 
 		 88 aa  107  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  59.09 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  104  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  105  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  105  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.55 
 
 		 88 aa  105  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  54.55 
 
 		 88 aa  104  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  55.68 
 
 		 88 aa  103  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  55.68 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  56.04 
 
 		 91 aa  103  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  53.41 
 
 		 88 aa  103  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  52.87 
 
 		 88 aa  100  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  55.06 
 
 		 89 aa  96.3  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  58.23 
 
 		 85 aa  95.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  47.73 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0847  hypothetical protein  46.07 
 
 		 89 aa  85.9  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  42.42 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.02 
 
 		 74 aa  50.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 68 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 68 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.38 
 
 		 74 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  58.54 
 
 		 75 aa  47  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  48.94 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 		 69 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  47.73 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.15 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  50 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  60 
 
 		 79 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.94 
 
 		 79 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  40.74 
 
 		 75 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  40.74 
 
 		 75 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 75 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 73 aa  43.5  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  48.65 
 
 		 73 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3183  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.64 
 
 		 74 aa  41.2  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.775887 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1959  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00494  hypothetical protein  55.88 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.33 
 
 		 218 aa  40.8  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00488  conserved hypothetical protein  55.88 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>